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为探究山核桃树体微生物多样性及功能对山核桃干腐病的影响，本文采用高通量测序，比较了健康山核桃树、发病山核桃树发病与未发病部位树皮、木质部的pH值、养分和细菌、真菌多样性差异，并分析了相关性。主要研究结果如下: 1、健康山核桃树皮与木质部pH值分别为7.03与7.63，显著高于发病山核桃树，发病、未发病部位树皮与木质部pH值分别为5.95、5.43与5.95、5.69(P＜0.05)。 2、健康山核桃树皮单宁、可溶性糖含量分别为0.317％、3.348％，木质部这两种养分含量分别为0.079％、0.626％，均显著高于发病山核桃树（P＜0.05）。健康山核桃树皮、木质部还原糖含量分别为0.865％、0.420％，均显著低于发病山核桃树(P＜0.05)。 3、健康山核桃树皮细菌与真菌OTU数目显著高于发病山核桃树、木质部细菌OTU数目显著低于发病山核桃树，木质部真菌OTU数目显著高于发病山核桃树。健康山核桃树、发病山核桃树发病、未发病部位主要细菌菌属，树皮分别有7、8、8个，木质部分别有8、4、8个，主要真菌菌属树皮分别有7、12、5个，木质部分别有8、3、6个，且健康与发病山核桃树皮和木质部主要菌属在种类和多度上均存在显著差异(P＜0.05)。健康山核桃树皮优势细菌属为蛭弧菌属、酸胞菌属、鞘氨醇单胞菌属，多度分别为0.13％、0.01％、15.32％，优势真菌属为附球菌属，多度为0.111％，木质部优势细菌属为Massilia、鞘氨醇单胞菌属，多度分别为1.2％、4.41％，优势真菌属为喙枝孢属，多度为4.47％，均显著高于发病山核桃树（P＜0.05）。发病山核桃树发病与未发病部位树皮中，优势细菌属均为粘细菌属与甲基杆菌属，发病部位该2个菌属的多度分别为7.56％、6.46％，优势真菌属均为德福霉属与Spizellomyces，发病部位该2个菌属的多度分别为10.44％、0.014％，显著高于未发病部位，且发病山核桃树两种部位树皮该4个菌属的多度均显著高于健康山核桃树(P＜0.05)。发病山核桃树发病与未发病部位木质部中，甲基杆菌属、Luedemannella、粘细菌属均为优势细菌属，多度分别为2.36％、0.35％、2.35％与1.76％、1.81％、0.55％，茎点霉属、念珠菌属均为优势真菌属，多度分别为1.31％、1.85％与0.51％、0.84％，且发病山核桃树两种部位木质部该5个菌属的多度均显著高于健康山核桃树(P＜0.05)。 4、健康山核桃树皮与木质部的Ace、Chao、Shannon和Simpson细菌多样性指数差异显著，分别为599、603、6.59、0.98与440、454、6.35、0.95，真菌这4种多样性指数差异显著，分别为321、318、4.42、0.92与311、263、5.93、0.96(P＜0.05)。 5、RDA分析表明，pH值、可溶性糖、还原糖均对山核桃树皮与木质部的细菌与真菌优势属有显著影响(P＜0.05)。 研究结果可为山核桃林可持续健康经营提供借鉴。