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目的:评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科、景天属植物的鉴别能力。
方法:使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科、景天属植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcoding gap,以及采取BLAST1和nearestDistance等方法评价不同序列的鉴定能力。
结果:ITS2序列对葫芦科33个属,90个物种,182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属的水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但它可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。
ITS2序列在采集的景天属几种药用植物中扩增成功率为100%,其种间与种内变异差异显著、barcoding gap较psbA-trnH、rbc1序列具有更明显的优势,而且纳入网上48个样品33个种的数据后鉴定成功率仍达到100%。
结论:ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。ITS2序列能够准确鉴定景天属药用植物,并将其与常见混伪品区别开,ITS2被推荐为景天属首选的DNA条形码序列。