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小单孢菌是放线菌中仅次于链霉菌的天然产物重要来源。本论文主要对一株分离自中国云南的雷公藤植物内生小单孢菌 M66的次级代谢产物进行研究。 首先通过化学筛选确定实验菌株，优化发酵条件并发酵得到粗产物。其次借助色谱技术（正相硅胶柱色谱、反相硅胶柱色谱、Sephadex LH-20柱色谱和高效液相色谱）对该株菌的次级代谢产物进行分离纯化，得到11个化合物。 通过质谱与核磁共振谱等波谱技术对11个化合物进行结构鉴定。确定化合物1-11分别为：1H-Indole-3-carboxaldehyde(1)、1H-Indole-3-acetic acid(2)、3-hydroxyacetyl-indole(3)、3-(2,3-Dihydroxypropyl)indole(4)、N-(1H-Indol-3-yl)-2-oxo-acetamide(5)、1H-Indole,3-[(5-methyl-2-pyrazinyl)methyl](6)、1H-Indole,3,3-[2,5-pyrazinediylbis(methylene)]bis-(7)、Daidzein或4H-1-Benzopyran-4-one,6-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)-(8)、Genistein(9)、2-Acetamidobenzoic acid(10)、2-Hydroxy-3-methyl-quinoxaline(11)。 其中化合物3-7和11均是首次从小单孢菌中分离鉴定，吲哚类化合物1-7首次从同一生物中分离鉴定，体现了小单孢菌合成代谢产物结构多样性的能力。其中，化合物2是重要的植物生长调节剂，化合物3对淋巴细胞性白血病细胞 P388、枯草芽孢杆菌和酿酒酵母的增殖有抑制作用，化合物6对金黄色葡萄球菌有很好的抑制作用，化合物11具有干扰HIV病毒复制的功能。