本文进行了生态经济复杂系统的要素、结构、功能分析以及生态经济评价指标体系构建和评价方法研究，其目的在于准确把握生态经济现状，找到区域生态经济建设存在的主要问题，为生态经济更好、更快地发展提供全面、可行和科学决策，主要工作如下:　　首先，本课题从系统科学的视角，沿着功能认识、要素分析和结构分析的路线，以现行统计指标和已有评价方法为基础，在明确生态经济功能的基础上，从资源环境经济学视角解析生态经济效率、最优和可持续性与生态经济功能之间的联系;并从物流的角度出发，分析生态经济运行与调控机制，找到影响生态经济发展的源头。　　其次，用Vensim软件建立区域生态经济系统动力学模型，并进行灵敏度分析，找到对整个系统运行影响较大的关键要素。　　再次，在对现有生态经济评价指标综述的基础上，进行指标筛选和分类，根据SD模型分析结果，加入资源环境指标，构建生态经济评价指标体系并进行其测度方法研究，选取四个直辖市为实证区，比较四个直辖市生态经济发展水平，找到不同实证区生态经济发展的优劣势，取得了满意的结果，验证了以上理论的正确性、技术的可行性和方法的有效性。　　最后，通过分析生态经济运行机制和政策建议的关系，研究遵循生态经济运行机制的、针对关键要素的政策建议，让政策建议更有针对性、有目的性。