在日益强调可持续发展的今天,传统的以牺牲环境资源为代价来发展经济的高耗能、低收益的经济发展模式已不适合社会的需要,环境与经济的矛盾凸显出“资源无价论”的错误。在资源环境与社会经济的矛盾中寻求一种和谐共赢已成为社会发展的必然。而流域生态补偿作为社会经济发展与生态环境保护之间的纽带,已经得到越来越多的关注,同时,越来越多的专家学者的研究也将“生态补偿”提到了一个十分重要的位置。本文选取了流域生态补偿机制作为研究对象,采取定性与定量相结合的研究方法。在生态补偿与成本平衡的理论基础上,首先对生态补偿与成本平衡之间的关系进行了分析,并总结了国内外流域生态补偿实践经验以及国内流域生态补偿实践中存在的问题。之后,对流域生态补偿的成本平衡机制进行了设计,将社会、经济与生态环境三个子系统通过耦合的途径联系在一起,形成一个巨系统。并根据系统动力学的建模步骤逐步完成流域生态补偿系统的构建工作。最后,以抚仙湖为例,根据湖区面源污染不好量化的情况,重点考虑湖区点源污染的问题,根据点源污染污染物的来源将湖区的生态补偿系统划分为城镇生活废水排放、农村生活废水排放、工业废水排放、旅游业废水排放以及污染治理投资与可利用水资源五个子模块,并根据模块中指标与指标的关系建立起系统流图,在通过模型有效性检验后对系统进行仿真模拟。通过模拟结果分析得出：在所有方案的比较中可以看出,方案4在实现社会效益、经济效益和生态环境效益的共同发展上是最科学的。为了方案4的实施,在产业政策上,政府部门可适当向工业方向倾斜,而在工业行业内部,应大力禁止高耗能、低效益的工业企业；在经济投资方向上,可适当增加污染治理投资和科研投资占GDP的比重；应该在农村人口当中大力普及环境保护知识,强化环境保护意识；加速建立和完善与流域生态补偿机制配套的法律法规；增强流域管理体制的适用性。