目的:本研究基于COI条形码序列对市售水牛角、地龙药材进行鉴定研究,对两种市售动物药材商品的真伪情况进行调查,为市场监管提供有力工具;同时对市售动物药材的DNA提取方法优化并鉴定,为中国药典动物药DNA分子鉴定研究提供技术支持。方法:首先收集水牛角、地龙及其易混伪品原动物样品,提取样品基因组DNA并获得样品COI序列,利用MEGA6.0软件分析序列特征,构建水牛角、地龙及其易混伪品DNA条形码数据库;其次利用构建的条形码数据库对在药材市场中收集的水牛角、地龙药材进行鉴定,调查市售商品真伪情况。基于SDS法DNA提取原理,比较裂解液中不同EDTA浓度(0.025 mol·L^-1、0.25mol·L^-1、0.5mol·L^-1)、是否含Na Cl和Triton X-100,对不同用药部位动物药（全体类、角类、骨甲类、组织类、其他类）DNA提取质量的影响,筛选出最佳裂解液配方。结果:本研究通过对水牛角、地龙及其易混伪品原动物和药材样品DNA提取发现,绝大多数样品均可获得较高质量的DNA和COI序列;运用构建的DNA条形码数据库对市售水牛角、地龙鉴定发现:29%的市售水牛角药材样品为牦牛角,是水牛角药材伪品的主要来源;50%的市售地龙药材样品不是药典规定正品基原物种,且物种构成较为混乱。通过筛选得到最佳裂解液配方:1%SDS、0.03mol·L^-1Tris-HCl、0.25mol·L^-1 EDTA、0.2mol·L^-1 Na Cl,该裂解液配方中EDTA浓度为常规SDS裂解液配方中EDTA浓度的10倍,可实现对部分不同用药部位动物药的DNA提取。结论:DNA条形码鉴定技术为动物药材鉴定提供了准确、有效的鉴定方法,为动物药材的市场监管提供了工具,也为临床安全用药提供了保障;本研究建立的DNA提取方法所获得DNA满足动物药材鉴定后续实验要求,保障了动物药材分子鉴定的推广应用。