围湖造田、水体污染、水利工程建设以及渔业的过度开发利用等人类活动不仅对河流生态系统产生了巨大的影响，也严重干扰了长江水体的生物完整性。研究长江中上游地区生物完整性的变化以及导致这种变化的深层原因，分析环境变迁和开发利用对鱼类群落结构以及河流生态系统健康的影响，具有重要的理论和实践意义。同时，对于实现河流价值、湖泊综合开发利用、水资源管理决策以及水环境保护都具有重要意义。　　 本文主要目的是建立基于IBI(Index of Biotic Integrity)原理的适合中国长江中上游地区的水体生物完整性指标体系，并对长江中游及附属浅水湖泊和长江上游干流生物完整性的时空变化进行评价。　　 本研究在长期监测数据的基础上，选定长江中、上游作为研究区域。主要的研究内容是：1)长江中上游特有鱼类群聚特征；2)建立适应性的生物完整性指数(IBI)评价体系，包括指标选择、指标赋分；3)通过历史数据和资料，评价长江中游浅水湖泊和长江上游生物完整性的时空变迁；4)分析人类活动对中游浅水湖泊以及上游生物完整性的影响并讨论了IBI在中国内陆水体应用的适应性。主要研究结果如下：　　 1.适应于长江中游江段的IBI体系：以鲤科、鳅科和鲿科在商业捕捞中的状况作为反映鱼类种类组成特征的主要指标；各指标的赋值主要依据商业捕捞渔获物调查所获得的相对数量比例；以渔获物调查中统计到的鱼类科数替代耐受力差的种类：以在中国分布最广的鱼类—鲫(放养鱼类)替代耐受力强种类的指标；以单位鱼产量作为鱼类密度(生物量)的指标。　　 2.长江中游浅水湖泊生物完整的时空变化：洪湖在1964、1981、1993和1998年等4个不同的年代，IBI值依次为52、40、28和26，对应的生物完整性等级为好、一般、差和差，呈现逐步下降的趋势，反映了人类活动的加强及其累加效应导致了水体的生物完整性逐步丧失；以1992年前后的资料进行横向比较，东湖、洪湖、保安湖和三湖连江水库的IBI值分别为22、28、38和42，其中东湖的IBI值表现为极差、洪湖为差、保安湖和三湖连江水库为一般，所反映的是受人类干扰的程度不同导致的水域生物完整性的差异。　　 3.适应于长江上游江段的IBI体系：适合长江上游的IBI指标分别是：所有本地种数占期望值的比例；鲤科鱼类所占比例；鳅科鱼类所占比例；鲿科鱼类所占比例；耐受性指标：耐受性个体所占比例；渔获物中出现的科数：杂食性鱼类所占比例；底栖动物食性鱼类所占比例；顶级肉食性鱼类所占比例：单位努力捕捞量(CPUE，日均单船产量)：非本地种所占的；畸形疾病(DELT)个体所占比例。　　 4.长江上游生物完整性指数在1997-2002年间的变化：自1997到2002年，同一江段的IBI值逐渐减小，生物完整性变化具有明显下降趋势。由于所有的数据都是在三峡水库蓄水以前收集的，表明当时影响长江上游生物完整性的决定因子应该是人类活动，特别是过度捕捞，而不是三峡大坝水库蓄水所致。