近年来，我国收入分配呈现出的问题越来越严重，直接制约我国经济的可持续发展和和谐社会的构建，推行收入分配制度改革具有重要意义。事业单位是我国四大公共部门之一，在经济社会发展中占有重要的地位。改革事业单位有利于深化公共部门体制改革，促进公共事业的发展。由于工资制度与劳动者的利益息息相关，做好事业单位工资制度改革有利于调动劳动者的工作积极性和规范收入分配秩序。因此，本文通过理论分析和实证分析，力图探究我国事业单位工资制度改革的方向。首先，通过对新古典经济学的工资理论、新制度经济学的工资契约理论和三权理论的分析，本文认为决定事业单位工资改革方向的关键是三权理论中的三项最基本的权利：参与权、收入权和保障权。具体到事业单位工资制度改革的分析，选取事业单位工资改革关键制度为分析指标。通过分析这些制度指标确定了影响事业单位工资制度改革方向的决定因素，继而提出分析我国事业单位改革的三权理论分析范式。其次，本文基于三权理论分析范式对建国以来我国事业单位工资制度改革历程进行动态跟踪。将改革历程划分为四个主要阶段，并用三权理论对各阶段职工收入改革状况进行分析，初步得出我国建国以来事业单位工资制度改革对职工收入变化的影响。再次，本文对我国事业单位工资制度改革与职工收入变化的关系进行实证检验。在三权理论基础上，首次利用大型微观调研数据库（CHIP）对我国事业单位工资制度改革效果进行评估，选取2002、2007两期数据，对其进行回归分析和基尼系数的测算，结果表明不断赋予职工参与权、收入权和保障权有利于提高职工的收入。最后，根据基于权利视角对我国事业单位工资制度改革历程的跟踪与改革对职工收入影响效果的实证分析，针对三权理论的参与权、收入权和保障权指标提出相关政策建议，以期指导未来事业单位的工资制度改革走向。