环境污染防治与地方政府的利益目标应当是一致的。但是，目前我国许多地方在环境污染防治中存在不同程度的地方保护主义，已然成为导致环境污染问题加剧的重要因素。在当前，这种地方保护主义主要表现为消极执行环境保护法律规定或行政命令、直接干预环境执法活动、任意降低环境污染企业的市场准入门槛以及导致环境执法、司法不公等现象，这虽然在短期内增进了当地的利益，但其却进一步加剧了环境污染问题的严重性，严重影响市场经济的资源配置效益，并破坏了环境法制的统一以及损害了地方政府的形象，成为我国环境保护事业发展的一个障碍，是得不偿失的短视行为。在环境污染防治领域，形成地方保护主义的原因是多方面的。从经济利益角度上看，其产生之根源在于分税制体制下，地方政府在经济利益上获得了相对的独立地位，形成了与中央政府不完全一致的经济利益评判标准和目标，并与其他地方政府展开竞争，而且，在我国经济发展“优位性”导向下，环境保护不得不屈从于经济发展目标，地方保护主义往往会成为地方经济发展的似乎理所当然的“保护伞”，加之在我国当前法律制度下，环境违法的外部边际成本较低，这在一定程度上激励了地方保护主义的形成和蔓延；从法律制度角度上看，我国环境保护法律制度存在着地方立法的外部性和监督管理体制不完善等缺陷，使得地方保护主义有了滋长的制度空间，同时，国有自然资源产权虚置的现实，也在一定程度上激励了地方保护主义的形成和蔓延；从政治利益角度上看，基于对以GDP指标作为核心要素的人事考核机制的理性考虑，地方政府官员往往采取地方保护主义的方式来最大化地追求地方经济利益，达到其私利和官员集体利益之目的。鉴于地方保护主义已然对环境污染防治产生了相当的负面影响，我国应当立足于环境污染防治领域中地方保护主义的成因和表现，寻求综合的法律规制手段和方法。首先，健全我国环境保护监督管理体制，明确环境保护部门与其他部门之间的职权划分，统一环境监督管理职权，实行“区域限批”制度，加强对地方保护主义的规制，明确中央与地方的环境立法权，解决地方环境立法的外部性问题，同时，通过地方环境保护部门的垂直管理，制衡地方政府的公权力，以减少地方保护主义产生的机会；其次，强化环境违法法律责任，完善环境违法责任追究制度，对地方保护主义行为进行必要的监督和责任追究，完善公众参与环境保护监督机制，强化环境违法行为的社会监督，构建地方政府环境污染赔偿法律制度，促使地方政府不得不考虑推行地方保护主义加剧环境污染的经济成本和风险；再次，完善国有自然资源产权法律制度，确定地方政府国有自然资源产权代表人地位以及划分中央与地方的代表权限，并明确地方政府环境质量监管职责，这可以从经济动因层面弱化经济利益对地方保护主义的激励，也使地方保护主义受到地方政府自身的约束；此外，建议我国构建以“和谐社会”为核心内容的政府官员人事考核法律机制，从地方政府官员的政治利益层面解决地方保护主义的形成问题。