基于水仙BAC末端序列的SSR标记开发与应用

来源 :福建农林大学 | 被引量 : 4次 | 上传用户:dongshantongak
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水仙(Narcissus tazetta L.)为水仙属多年生球根花卉,现约近上万个园艺品种,其花色、花姿十分丰富,已成为世界各国广泛栽培的著名观赏花卉。但中国水仙品种稀少,花色单一新品种选育困难,制约了该花卉的生产和发展。本文利用部分水仙BAC末端序列自主开发新的SSR标记技术,并将其在水仙近缘属物种间转移使用,旨在为水仙种质鉴定、种间亲缘关系分析及遗传多样性分析等领域提供有效的技术支持,并为水仙的新品种选育工作奠定基础。其取得的主要研究结果如下:1.从已有的1149条水仙BAC末端序列中检索得到148个SSR位点信息,出现频率为12.88%,其中二核苷酸基序占主导地位,占89.19%,三核苷酸基序次之,其中二核苷酸基序中(AT)。和(TA)。基序出现频率最高,占总数的32.43%,(AG)n=(TC)n基序次之。此外,二核苷酸基序和三核苷酸基序长度变化范围较大,二核苷酸基序长度最长为76bp,三核苷酸基序长度最长为27bp,二核苷酸基序较三核苷酸基序平均长度高0.26,综合表明水仙基因组中SSR位点信息十分丰富,为开发水仙SSR标记奠定了基础。2.利用检索的部分SSR位点信息设计102对水仙BES-SSR标记引物,最终自主开发获得29对谱带清晰、重复性好、多态性高的水仙BES-SSR标记引物,成功筛选率高达28.43%。并对SSR-PCR反应体系中的各因素进行了优化分析,建立了最优的水仙SSR-PCR反应体系,且随机选取开发的SSR引物进行重复性检测及测序验证分析,综合表明本研究开发的水仙SSR标记引物重复性好,稳定性强,为可靠有效的分子标记引物。3.将水仙BES-SSR标记成功应用于水仙亲缘关系、种质鉴定及遗传多样性的研究中。采用上述开发的15对水仙BES-SSR标记引物对36份水仙材料进行分析,共得到506条扩增谱带,多态性谱带448条,多态位点百分率达88.54%,平均扩增多态性谱带29.87个,各引物Shannon氏多态信息指数I在0.3 005-0.4 861之间;各水仙材料间遗传相似系数在0.53557-0.96 640之间,经UPMGA法聚类表明与前人的研究一致,不同引物对同一材料表现出不同的特异性扩增谱带,表现水仙品种及SSR标记的特异性,表明开发的SSR标记可以将其应用于水仙种质鉴定、亲缘关系分析和遗传多样性分析等领域。4.探讨了水仙BES-SSR标记在水仙近缘属君子兰属植物上的通用性。利用上述29对水仙BES-SSR标记对21个君子兰品种进行检测分析,结果表明,其中11对引物表现出扩增谱带清晰、重复性好、多态性高且稳定的特点,通用性比率高达28.20%,获得扩增谱带329条,多态性谱带242条,平均多态位点百分率73.56%;且各君子兰品种间的遗传相似系数在0.54 711-0.81763之间,品种间差异较大,鉴定效果明显,表明本研究开发的水仙BES-SSR标记具有很好的通用性,丰富了君子兰属植物SSR标记的数量,为君子兰种质鉴定及遗传多样性方面奠定基础。
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