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鹅掌楸属在植物系统进化中占有重要地位,但当前利用DNA分子标记对其开展相关研究的报道很少,且仅局限于RAPD标记,开发能用于鹅掌楸属的分子标记进行研究可为鹅掌楸属树种遗传学研究提供有力的工具。本研究开发了一批适用于鹅掌楸属树种遗传学研究的EST-SSR分子标记,优化了SRAP反应程序,并用筛选得到的多态EST-SSR与SRAP标记,以杂交鹅掌楸（S×BM）F1代群体为材料,构建了鹅掌楸遗传连锁框架图谱。取得的主要结果如下:1、利用北美鹅掌楸EST数据库信息,设计出176对EST-SSR引物,其中,132对引物在北美鹅掌楸中有效扩增,72对扩增出多态,占有效引物的54.5%;有108对在鹅掌楸中有扩增产物,49对扩增出多态,引物的通用率为81%,多态率为37.1%。利用木兰科近缘种玉兰检测其通用性,71对引物在玉兰中有扩增产物,19对扩增出多态,引物在玉兰中的通用率为53.8%,引物多态率为14.4%;有14对引物在三个物种中都可以扩增出多态,占有效引物的10.6%。2、首次将SRAP标记用于鹅掌楸,并通过梯度实验确定了其最佳反应体系:20 uL反应体系中,模板40 ng,正负引物浓度各为0.4 uM,Mg2+浓度2.0 mM,每种dNTPs浓度都为0.2 mM, rTaq酶1 U;PCR扩增程序分两步,第一步5个循环,36℃退火;第二步35个循环,52℃退火,最后72℃温育710 min。扩增的产物在6% PAGE胶上分离检测,银染法显带。实验证明扩增效果较好,条带丰富,稳定性强,重复性好。3、利用筛选出的多态SSR与SRAP引物,对鹅掌楸种间杂交F1代群体中186个个体进行检测。总共获得分离位点135个,其中35对SSR多态引物,检测到38个多态位点,平均每对引物1.05个多态位点;42对SRAP多态引物得到97个SRAP多态位点,平均每对引物检测到2.31个多态位点。4、鹅掌楸遗传连锁框架图谱构建用JOINMAP2.0进行,取LOD=3时得到83个标记,构建44个连锁群。其中,两个及两个以上标记的连锁群有18个,共有57个标记分布其中。图谱中,最大连锁群图距为104.8 cM,最小连锁群图距为17.7 cM,平均连锁群图距为45.6 cM,总图距为820.2 cM;各连锁群中,标记数最多的有6个,最少的的有2个标记,平均每个连锁群标记数为3.17个;最大标记间距45.4 cM,最小标记间距2.6 cM,标记间平均图距为14.4 cM。