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猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是目前危害山东省养猪业最严重的传染病之一。为了弄清PRRS在山东省的流行情况，课题组近几年陆续开展了山东省猪场PRRS病原学和血清学调查.结果发现PRRS近两年（2006～2007年）的抗原检出率达57.9％，与2001～2003年期间的检出率(44.3％)和2004～2005年期间的检出率(51.2％)相比，呈现一定的上升趋势，且地区分布不均，对2006～2007年检测的部分阳性样品进行变异株和传统株检测，发现山东省猪场近两年同时存在高致病性PRRSV变异株和传统株感染，而猪场PRRSV抗体阳性率高达76％，是否存在PRRSV感染还要依据各个猪场的免疫程序来定。
2006年底及2007年初，山东部分地区出现猪高死亡率的“无名高热综合征”。从其死亡病例中分离到高致病性PRRSV变异株，并进行了系统鉴定，暂命名为PRRSVShanDong-3株，SD-ZQ株和SD-JN株。为了验证所分离株的致病性，对SD-JN株进行了病毒TCID50的测定和本体动物回归试验，结果复制出临床“无名高热综合征”的发病特征。因此，可以初步认定这种变异株是山东省猪场“无名高热综合征”流行的主要病因之一。
应用RT-PCR方法从三株高致病性PRRSVShanDong-3、SD-ZQ、SD-JN株中扩增出ORF5，ORF6，ORF7和部分Nsp2基因，并进行克隆、测序。遗传演化关系分析表明:三株高致病性PRRSV分离株之间ORF5基因、ORF6基因、ORF7基因核苷酸序列高度同源，分别为97.8～100％、99.4～99.8％、99.2～99.7％;ORF5与VR-2332株同源性相差较大，为88.9～89.2％，ORF6、ORF7与VR-2332株同源性较高，分别为94.7～94.9％、93.5～94.1％;与变异株JXA1同源性分别达98～99.3％、99.6～99.8％、99.5～100％;与传统疫苗株MLVRespPRRSRepro同源性为88.6～88.9％、94.9～95.1％、93.5～94.1％;与LV株仅为63.7％、69.4％、64.7～65.7％，说明三株高致病性PRRSV仍属北美洲型。
在影响病毒毒力的ORF5基因编码的13位和151位氨基酸均为强毒氨基酸(R)，结合动物回归实验可判定三株病毒均为强毒株。三株病毒均在Nsp2基因出现两处氨基酸的缺失，其中一处连续缺失29个氨基酸，另一处缺失1个氨基酸，与2006年夏天中国暴发流行的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的特征一致。