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在我国的苹果产区,在苹果果实上常会观察到斑驳、黄色斑块、褪色环斑和锈斑等症状,受危害果实商品价值大为降低。为明确这些症状是否由类病毒引起及苹果类病毒的分子特性,本研究从我国山东、山西和辽宁省共收集36份果实和枝条样品,对这些样品进行了4种可能侵染苹果的类病毒的RT-PCR检测,并对检测到的类病毒的分离物分子特性进行了深入分析,主要研究结果如下:1、从我国山东和山西地区采集了30份“富士”品种或近缘品种果实样品或枝条,在果实上分别表现上述症状,对这些样品进行了4种可能侵染苹果的类病毒包括苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)、梨泡状溃疡类病毒(Pear blister canker viroid,PBCVd)、苹果凹果类病毒(Apple dapple fruit viroid,ADFVd)和啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)的RT-PCR检测,结果表明,ASSVd阳性样品有10份,PBCVd阳性样品有5份,ADFVd阳性样品有3份,在这些苹果样品中没有检测到HSVd。其中,有2份样品为ASSVd和PBCVd的混合侵染。将这30份“富士”样品的不同症状与侵染类病毒进行关联分析,结果显示表现黄斑样品均为ASSVd阳性样品,结合已报道该类病毒所引起症状分析,推定该症状由ASSVd所引起,而其它症状与这4种类病毒的侵染无显著相关性。另外对我国辽宁省6份不同品种的苹果枝条样品进行了ASSVd和PBCVd的RT-PCR检测,结果在其中3份样品中检测到ASSVd,未检测到PBCVd。2、选取11个ASSVd分离物,每个分离物选取4-9个ASSVd克隆进行测序,共得到71个ASSVd克隆序列。除辽宁分离物HJGL有两个克隆序列长度分别为290和291bp外,其他69个克隆序列长度在328-333bp之间。核苷酸序列比对分析结果表明,ASSVd同一个分离物的不同克隆之间相似性为92.4%-100%;在各分离物的几个克隆中,选择优势分子变种作为分离物的代表序列,进行各分离物之间的序列比对,结果显示,11个ASSVd分离物序列之间的相似性达到93.9%以上,最高相似性达100%;与世界各地已报道的苹果上的ASSVd序列进行比对结果表明,序列相似性为93.6%-100%。3、通过10个碱基位点的特异性变异及核苷酸序列系统进化树分析显示,所获得的分离物可以明显分为两个组(组Ⅰ与组Ⅱ)。组Ⅰ中含有来自不同地域的分离物:包括本研究获得的来自山东、山西、辽宁的6个分离物,已报道的中国新疆和辽宁的分离物及来自印度、韩国、加拿大、伊朗的分离物;而组Ⅱ中的6个分离物均来自中国。结合以上结果推测,组Ⅱ可能为一个独特的中国ASSVd种群。结合这两种群体结构的分析方法,显示了各分离物之间的遗传距离远近。4、利用本次试验得到的71个ASSVd克隆的序列比对的公有序列构建二级结构,并在二级结构上标出71个ASSVd克隆的变异位点,除了在ASSVd二级结构的右末端区(TR区)变异较小:只有一个碱基位点的变异,左末端区(TL区)、致病区(P区)、中央保守区(C区)和可变区(V区)均覆盖了大量碱基位点的变异,这些变异大部分为单个克隆的变异,变异概率小。而将每个分离物作为一个整体分析其共变异发现,分离物变异主要分布在TL区、P区和C区,C区变异主要集中在靠近P区的一端。11个分离物的10个特异性位点变异主要也分布在TL区、P区和C区,其中TL区和C区中变异位点分布于靠近P区的一端。5、对ASSVd阳性样品YT-1进行深度测序,结果显示,来源ASSVd的小RNA(small RNA,s RNA)以21nt、22nt和24nt长度为主,且ASSVd来源的正链和负链的s RNA总量基本一致,且都是21nt长度的类病毒-s RNA(vd-s RNA)丰度最高;ASSVd来源的s RNA可覆盖ASSVd整个基因组序列,在ASSVd正负链上呈不对称分布,其中,正链vd-s RNA有2个热点区,负链vd-s RNA有3个热点区;ASSVd来源的s RNA正负链的5’端核苷酸分布均偏好C,其中,正链vd-s RNA 5’端核苷酸分布趋势为:C>A>G>U,负链vd-s RNA 5’端核苷酸分布趋势为:C>A>U>G。