乡村振兴战略背景下将农民合作治理进行完善,直接影响农民的切身利益,三农问题的实质是要提高农民的收入,农民合作社在完善治理的基础上,对加入的成员进行技术与生产指导,实现农民收入水平的提高,为三农问题的解决提供了一个新的方式,农民合作社的发展需要对内部治理进行完善,通过查找文献的方法,对农民合作社治理的相关理论进行分析,农民合作社治理在交易成本理论上,应当建立价格机制来对成员进行激励,在产权理论中应当对合作社进行产权确立,进行委托代理,将所有权与经营权分离,这将为农民合作社治理提供更大的制度安排,在明白农民合作社经营主体的基础上,通过对湖南省典型案例分析,了解农民合作社发展的程度与模式,通过对湖南省农民合作社发放问卷调查,对湖南省农民合作社治理的现状与问题进行分析,明白农民合作社治理应当将成员大会,理事会与监事会运用制度的形式进行确立与完善,培养专职管理者,通过完善决策机制、监督机制和利益机制来对合作社的治理机制进行完善。