随着时代的进步，信息技术的发展正冲击着人类传统的生活模式，尤以电子商务的诞生和发展最为突出。电子商务开创了传统商业方法和计算机网络技术相结合的模式，突破了商业活动原有的时间限制和地域限制。由此，开启了人类进入电子商务新时代的大门。同时，伴随信息技术革命的到来，信息产业正成为国家的命脉产业和支柱产业。在信息产业中，电子商务商业方法的创新就成为信息产业繁荣和发达的制胜法宝。于是，对其授予专利就成了发达国家迫不及待的要求，美国、日本、欧盟等发达国家和地区已逐渐开放并完善对电子商务商业方法的专利保护政策。在国际市场融合不断加深的情况下，在知识经济时代的背景下，专利权处于民事权利、企业竞争工具与国家发展战略重要举措相交融的境地。因而我国企业参与国际经济竞争面临的不再是关税壁垒与行政壁垒，而是知识产权，尤其是专利权和技术标准等非关税壁垒。完善电子商务商业方法的专利保护既有利于我国企业在国外的发展，也有利于国际经济的融合。如何处理机遇与挑战的关系，如何抓住机遇，应对挑战，这是摆在我国面前的、急需解决的现实问题。基于此，本文主要围绕电子商务商业方法的专利保护这一论题，循着是否保护能否保护怎样保护的思路，从两方面入手：立足我国实际，分析我国电子商务商业方法的申请现状及目前专利保护存在的问题；比较分析美国、日本、欧盟的相关做法，借鉴域外相关经验，围绕知识产权战略背景和国家利益对目前完善我国的电子商务商业方法专利保护制度提出相关建议，分别从电子商务商业方法专利的保护客体、可专利实质条件、保护期及强制许可、审查实践四方面进行新构想。