针对中国公路交通系统所面临的能源需求、环境保护两个方面的巨大挑战,能源多样化、燃料多元化成为公路交通运输行业可持续发展的战略选择。本文在此背景下,建立了基于清洁能源系统的公路交通3E情景分析系统。该系统主要包含清洁燃料生产子系统、汽车保有量预测子系统、经济分析子系统以及政府政策扶植子系统。该系统的建立涉及专业范围比较宽,包含了多种民用汽车保有量预测模型、多种基于可再生能源与不可再生能源的新型清洁燃料（甲醇、二甲醚、生物柴油等）的生产工艺过程以及多种混合动力方式（油/电,燃料电池油等）。根据国内外的研究成果并结合中国国情特点,确定了3E评价准则:即,经济性（Economy）,节能性（Energy）,以及环境友好性（Environment）。该3E情景分析系统对于基于清洁能源的中国新一代公路交通系统进行建模分析,结合公路交通系统的民用汽车保有量预测、多种清洁燃料的生产、污染物（包含CO₂）控制等多个学科的最新研究进展。可以比较准确的预测不同清洁替代燃料技术路线情况下,未来年份中国公路交通对能源的需求、环境的影响以及相关的经济特性。结果分析表明,针对中国资源多样化特点,未来公路交通走清洁燃料以及燃料来源多元化的战略路线,在一定程度上可以降低对石油的依赖程度,从而减少国家能源危机风险,实现可持续发展、环境友好的新一代公路交通系统,为创建两型社会做出贡献。