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通过对94份甜瓜种质资源进行田间表型性状的调查研究,并根据调查结果进行形态学聚类分析,结合了ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记技术,较全面的研究了94份甜瓜种质资源的遗传多样性;通过分析,从上述94份材料中,再选取了17份甜瓜种质资源进行配合力和杂种优势的分析,主要得出以下结论:1.对甜瓜的各项农艺性状进行调查(包括甜瓜的节间长、茎粗、叶面积、抗性、单果重、果实横截面积、种子腔大小、果肉厚度、亩产量、果皮颜色以及糖度等)并根据这些表型性状统计结果构建了聚类分析树形图,根据结果可以将94份甜瓜材料在树形图中遗传相似系数7.53处分成I,II两大类:Ⅰ类包括83、93两份长瓜型甜瓜材料;Ⅱ类包括包括其余瓜型相对较圆的92份甜瓜材料。而Ⅱ类在欧式距离5.51处进一步分为三个亚类:A类包括1、2、7、8、45等单瓜重量小果肉较薄的31份甜瓜材料;B类包括31、41、53、56等单瓜重量和果肉厚度处于中间类型的52份甜瓜材料;C类包括14、17、18等单瓜重量较大的其余9份甜瓜材料。2.选取51条ISSR引物对94份甜瓜材料的全基因组DNA进行扩增,根据电泳染色后显现的带型结果,从总中筛选出了带型清晰、多态性较高的22对引物。将这22条ISSR引物扩增的条带进行观察和统计,总的扩增条带数量为116条,片段大小均处于100-2000bp之间,平均每条引物扩增条带数为5.27条,116条条带有带中有多态性的条带有70条,多态百分率为60.3%。其中多态性最高的引物为816,其PIC Value值最大为0.903,多态性最低的引物为891,PIC Valule的值也最小为0.078。3.对94个甜瓜种质资源的多样性进行聚类分析,94份甜瓜材料8个性状平均Nei’s指数和shannon信息指数分别为0.159和0.247,多样性程度相对较低。从聚类分析树形图可以看出,在相似系数为0.843处,94份甜瓜材料可以分为4类:Ⅰ类包括1、2、14、40、70、94等53份白皮、青皮和黑皮甜瓜材料;Ⅱ类包括29、32、36、77等15份黄皮或黄底绿条纹甜瓜材料;III类包括8、17、23、78、80等17份黄皮或黄皮杂绿色甜瓜材料;Ⅳ类包括6、13、83等9份白皮甜瓜材料。4.从以上94份材料中选多态性差异较大的17份甜瓜材料,通过田间8个农艺性状的调查,进行表型和广义遗传力的分析。分析结果显示出,8个性状的平均变异系数为20.20%,变异系数范围处于3.22%-50.37%之间,不同的性状之间差异比较明显,其中节间长短的变异系数最小,果实横截面积的变异系数最大;实横截面积、果肉厚度、种子腔大小、糖度、叶面积以及单果重六个性状的广义遗传力较高,利用优势育种效果比较好。