环境公报显示，我国地表水污染依然严重，七大水系水质总体为中度污染。水环境污染问题仍然是我国亟待解决的重要问题之一。排污权交易是得到全球认可的控制水体污染的环境经济政策之一。目前，很多国家已经开始实施水体排污权交易的政策，用以进行污染物的消减工作。　　 本文根据我国的国情，将水环境功能区划与排污权交易相结合，通过总量控制和水质控制2方面构建了基于水环境功能区划的排污权交易体系。该体系根据水环境容量的变化将一年内分为多个阶段分别实施排污交易，在实施排污交易的同时确保功能区划下游边界处水质达到国家规定标准。基于水环境容量的变化提出排污交易的时间效应，并以月份的变化划分排污交易实施期。基于污染源排放对受控断面的水质影响提出排污交易的空间效应，并分别提出针对点源和非点源的计算方法。同时，将该体系应用于北京市通州区北运河水系讨论同一水环境功能区划内多个点源的排污交易模式；将其应用于三峡库区大宁河流域东溪河水系中讨论同一水环境功能区划内点源与非点源的排污交易模式，并构建了概率约束模拟模型。　　 案例模拟研究结果表明水质约束的引入很好的提高了环境质量，改善了传统排污交易模拟中区划下游边界处出现了水质超标的现象。交易体系通过牺牲经济的有效性来达到提高环境标准的目标。河道中污染物的背景值对于排污交易的模拟结果具有很大影响，从侧面证明了交易体系的必要性。排污交易体系实质上是水质控制与总量控制双重约束的博弈结果。　　 在考虑到非点源交易中，无论是提高水环境容量的置信度还是提高概率约束分析的置信度都会增加污染消减量，从而提高污染物消减成本。工程性BMP需要达到一定的规模才能体现出非点源消减的成本优越性。非点源消减的不确定性会导致点源与非点源的边际消减成本不断增加，通过进一步增加点源所承担的消减量来减缓非点源带来的不确定性，从而也带来了一定的经济损失。在制度设计方面，可通过两种方法来进行点源与非点源的排污权交易，其一是提高环境容量选择的置信水平或非点源消减的置信水平，其二是可通过设定交易比例确保排污交易的运作。在此基础上，本文还进一步探讨了排污交易中总量目标的确定、初始产权的分配、交易机制和实施时间等管理问题。