叉尾斗鱼是一种广泛分布于我国南方地区的小型淡水鱼类,其体色艳丽,行为夸张,极具观赏价值。当前,观赏渔业迅猛发展,已成为渔业经济发展的一个新增长点。而叉尾斗鱼是我国特色鱼种,深入了解叉尾斗鱼的遗传结构,对于开发和保护我国本土观赏鱼类资源,发展观赏鱼产业具有重要意义。　　 本研究共采集了广西(南宁、桂林)、福建(福州、龙岩)和广东(广州)3省5个地理种群共70个个体,利用了RAPD和Cytb基因序列分析两种分子标记技术研究叉尾斗鱼地理种群的遗传多样性和遗传结构。　　 叉尾斗鱼的RAPD研究结果表明:从40条随机引物中共筛选出11条产生出条带清晰、多态性高、且重复性较好的有效引物,对5个地理种群共70个个体进行RAPD扩增,其扩增结果用于群体遗传多样性分析。5个群体中共检测到139个位点,其中多态位点118个,多态位点比例为84.89％。5个群体内部的多态位点比例在26.44％～40.95％之间;Shannon信息指数介于0.1543～0.2176之间;Nei多样性指数介于0.1042～0.1457。而总群体的Shannon信息指数和Nei多样性指数分别高达0.4606、0.3110。本研究结果表明叉尾斗鱼群体内的多样性较低,其遗传差异主要来自群体间。　　 通过对28个叉尾斗鱼样本的Cytb基因片段进行研究发现:在700bp长度的Cytb基因片段中共检测到32个变异位点,总变异率为4.6％。检测的28个个体中共获得lO种单倍型,单倍型多样性指数达0.881,核苷酸多样性指数达0.01670,不同单倍型的遗传距离为0.0014～0.0371。利用NJ法和MP法构建的系统发生树均显示南宁的2种单倍型单独聚成一支,另外4个群体的8种单倍型聚合成为一大支。对Cytb基因片段的研究表明,叉尾斗鱼的遗传差异主要来自群体间,这与RAPD的分析结果相一致;但聚类分析的结果,两种标记存在差异。