天祝白牦牛因其被毛纯白而具有较高的利用价值,除生产肉、绒、毛、奶等产品外,也被当作高原地区景观动物,被毛长短是影响其景观价值的重要因素之一。本研究通过2b-RAD测序,利用一般线性模型和混合线性模型进行全基因组关联分析,筛选与白牦牛被毛长短相关的多态位点和候选基因,并采用实时荧光定量PCR技术对候选基因进行了验证,旨在寻找影响白牦牛被毛长短的分子标记,为长毛型白牦牛的选育提供一定的理论依据。现得到如下结果:1.对60头天祝白牦牛个体进行2b-RAD测序,根据完整性>80%,最小等位基因频率(MAF)>0.01为标准进行过滤,获得78732个多态性标记。2.通过全基因组关联分析,获得了43个显著相关SNP位点和8个候选基因:位于2号染色体上的FER基因,位于6号染色体上的DKK1基因,位于7号染色上的MST1基因,位于12号染色体上的ZFP36L1基因和PDGFD基因,位于24号染色体上的FGF5基因和LEF1基因,以及位于26号染色体上的BMP6基因。3.实时荧光定量PCR分析发现,在正常个体中皮肤组织中,FGF5基因和DKK1基因表达量极显著高于长毛型个体(P<0.01),BMP6基因表达量显著低于长毛型个体(P<0.05)。LEF1、FER、MST1、ZFP36L1和PDGFD基因表达量差异不显著(P>0.05)。