不同发育阶段猫儿山小鲵(Hynobius maoershanensis)皮肤菌群的多样性研究

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皮肤菌群在帮助宿主适应不同环境、维持宿主健康中发挥重要作用。两栖动物在发育过程中,栖息环境从水生转变至水陆两栖,皮肤结构伴随个体发育而发生变化,这些变化会影响皮肤菌群的营养来源和生存空间,进而导致皮肤菌群组成以及多样性发生改变。结合个体发育特征研究两栖动物皮肤菌群特征,有助于了解两栖动物皮肤菌群在发育过程中对环境变化的适应机制。本研究以猫儿山国家级自然保护区状元桥、八角田和山顶湖的猫儿山小鲵(Hynobius maoershanensis)为研究对象,采集其三个发育阶段(前肢芽期、后肢芽期、成体)的皮肤样品,运用16S r RNA高通量测序技术对其皮肤菌群进行测序,采用Alpha多样性、Beta多样性和物种组成分析等方法分析各发育阶段猫儿山小鲵皮肤菌群的多样性。本研究拟回答以下问题:(1)猫儿山小鲵不同发育阶段皮肤菌群有哪些特征?(2)在猫儿山小鲵发育过程中其皮肤菌群如何适应环境的变化?(3)栖息地人为干扰是否对猫儿山小鲵皮肤菌群产生影响?Alpha多样性分析表明:(1)成体皮肤菌群的多样性显著高于前肢芽期,其中,成体的Shannon指数显著大于前肢芽期(q<0.05),Simpson指数显著小于前肢芽期(q<0.05);(2)成体皮肤菌群的多样性显著高于后肢芽期,其中,成体的Shannon指数显著大于后肢芽期(q<0.05),Simpson指数显著小于后肢芽期(q<0.05);(3)前肢芽期和后肢芽期皮肤菌群的多样性均无显著差异(q>0.05)。栖息地对不同发育阶段皮肤菌群的Alpha多样性的影响不同,具体表现为:(1)前肢芽期和成体皮肤菌群的多样性在不同栖息地间无差异,Shannon指数、Simpson指数均无显著差异(q>0.05);(2)后肢芽期皮肤菌群的多样性在不同栖息地间有差异,其中状元桥后肢芽期皮肤菌群的Shannon指数显著大于山顶湖(q<0.05),Simpson指数显著小于山顶湖(q<0.05),表现为受干扰程度强的栖息地的后肢芽期皮肤菌群的Alpha多样性显著高于受干扰程度弱的栖息地。Beta多样性分析表明,前肢芽期、后肢芽期和成体两两之间的皮肤菌群组成均存在显著差异。前肢芽期和成体皮肤菌群组成均存在栖息地间的差异,后肢芽期皮肤菌群组成不存在栖息地间的差异。群落组成分析结果表明,在门水平,前肢芽期皮肤菌群以变形菌门、厚壁菌门和梭杆菌门为主。后肢芽期皮肤菌群以变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为主。成体皮肤菌群以变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、酸杆菌门、厚壁菌门和绿弯菌门为主。不同发育阶段的皮肤菌群共有菌门主要为变形菌门和厚壁菌门,优势门均为变形菌门。在属水平上,前肢芽期的优势属为Limnohabitans,后肢芽期的优势属为多核杆菌属,成体的优势属为假单胞菌属。猫儿山小鲵的皮肤菌群组成具有不同发育阶段的差异,表现为:(1)在前肢芽期和后肢芽期皮肤菌群的比较中,前肢芽期的梭杆菌门、衣原体门、Limnohabitans、假单胞菌属等的比例显著高于后肢芽期,后肢芽期的拟杆菌门、螺旋体门、疣微菌门、多核杆菌属等的比例显著高于前肢芽期;(2)在前肢芽期和成体皮肤菌群的比较中,前肢芽期的梭杆菌门、Limnohabitans、多核杆菌属等的比例显著高于成体,成体的拟杆菌门、酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、疣微菌门、黄杆菌属、紫色杆菌属、不动杆菌属等的比例显著高于前肢芽期;(3)在后肢芽期和成体皮肤菌群的比较中,后肢芽期的变形菌门、多核杆菌属、Limnohabitans等的比例显著高于成体,成体的放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、疣微菌门、假单胞菌属、黄杆菌属、紫色杆菌属等的比例显著高于后肢芽期。不同栖息地同一发育阶段的皮肤菌群组成有一定的差异性,表现在山顶湖前肢芽期门水平的[Thermi]比例显著高于状元桥;状元桥后肢芽期的放线菌门、厚壁菌门、酸杆菌门和Arcobacter等的比例显著高于山顶湖,山顶湖后肢芽期的拟杆菌门比例显著高于状元桥;状元桥成体的变形菌门比例显著高于山顶湖,山顶湖成体的梭杆菌门比例显著高于状元桥。总的来说,栖息地干扰对皮肤菌群组成有影响,皮肤菌群组成对栖息地的适应策略还需更多研究。功能预测结果表明,不同发育阶段皮肤菌群的功能通路富集存在显著差异,前肢芽期在环境信息加工和人类疾病通路显著富集;后肢芽期在新陈代谢通路显著富集;成体在遗传信息加工通路显著富集。综上,猫儿山小鲵不同发育阶段的皮肤菌群组成和结构具有显著差异,成体的皮肤菌群多样性显著高于前肢芽期和后肢芽期,前肢芽期和后肢芽期皮肤菌群多样性无显著差异。不同栖息地间的皮肤菌群组成和结构也有差异,且后肢芽期皮肤菌群的多样性在不同栖息地间存在显著差异。总的来说,猫儿山小鲵的皮肤菌群特征有助于其适应不同发育阶段的环境变化。
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