地方财政科技投入是贯彻公共财政理念、理顺基层政府职能定位、提高地方科技和经济发展水平的关键。解决地方财政科技投入存在的绩效评价问题,对地方经济持续、快速及协调发展有着非常重要的意义。文章分析了地方财政科技投入现状及地方财政科技投入绩效评价的特点、难点:地方财政科技投入绩效评价是一项区域特性很强的工作,具有明显的公共性、间接性及滞后性;正是由于以上特点使得地方财政科技投入绩效评价存在外部性绩效难以量化、经济效益和社会效益有明显的滞后性等难点。在此基础上构建基于财政科技投入、科技直接产出、科技活动直接经济效益和社会效益产出四个层面的地方财政科技投入绩效评价指标体系。利用数据包络分析方法,对地方财政科技投入进行绩效考评。以上海市1995-2007年13年的财政科技投入产出数据为例,进行财政科技投入绩效考评,结合上海市地方科技与经济特色,分析评价结果得出上海市财政科技投入存在的主要问题,并找出问题出现的原因和解决办法。案例分析的结果证明了本文建立的评价指标体系及选择的评价方法是切实可行的。