黑腹果蝇种组隶属于果蝇属(Drosophila genus)、水果蝇亚属(Sophophora subgenus),至少包括180余种,按形态特征归为12个种亚组。到目前为止,已经有很多基于形态学,地理生物学和分子生物学的研究对黑腹果蝇种组的系统关系进行了广泛的探讨,但是由于缺少足够多的种的系统发育信息,它的分类和系统发生关系仍然存在很多争议。 通过PCR扩增和克隆测序的方法获得了黑腹果蝇种组20个Cu,Zn-SOD基因序列和24个Mn-SOD基因的序列,分子进化分析结果表明这两个基因的编码区段高度保守,明显表现出受到纯化选择的痕迹,其超高的Ks/Ka比值及GCⅢ含量都充分显示如此。而这两个基因的内含子区存在明显的插入和缺失,包含有丰富的进化信息。 以拟暗果蝇(Drosophila pseudoobscura)为外群,基于Cu,Zn-SOD基因和Mn-SOD基因的序列,以及两个基因的联合序列,运用邻接法、最大似然法和贝叶斯法三种方法重建了melanogaster种组的系统进化树,对其系统发育关系进行了分析,并利用bootstrap对分析结果进行了置信度检验。研究结果表明黑腹果蝇种组明显的聚集为三大系谱：(1)ananassae亚种组；(2)montium亚种组；(3)melanogaster亚种组和所谓的东亚亚种组suzukii,elegans,ficusphila,eugracilis和takahashⅡ组成独立的第三枝。melanogaster亚种组和东亚亚种组之间的进化关系令人迷惑,几种树的拓扑结构均有所差异。另外melanogaster复合种中,D.simulans和D.sechellia亲缘关系最近。