自由贸易是推动世界经济发展的主要因素。WTO贸易规则使我国对外贸易经济总额迅猛增长至世界第一，面对我国对外贸易的快速发展，美国在世界主要经济体之间积极主导成立TPP[1]和TTIP[2]两个自由贸易区（FTA），将我国排除在外，致使WTO多边国际贸易规则体系对我国面临虚化的可能，我国对外贸易发展面临着巨大的外部挑战和贸易规则话语权的被动。党的十八届三中全会已将自由贸易区战略的实施作为全面深化改革若干重大问题之一提出，并且从全面深化改革的视角提出加快实施单边、双边和多边自由贸易区战略。我国自由贸易区的建设可以追溯到上世纪90年代保税区的设立，但由于受我国行政管理体制的束缚，保税区的建设未能完全实现自由贸易区的性质特征。本文在诸多学者研究的基础上，采用文献研究、对比研究、实证研究等方法，提出了我国自由贸易园区（FTZ）建设存在宏观管理主体缺位、宏观监管政策多部门各自为政缺乏统一、行政监管执行驻区机构纷杂，造成经营效率受监管效率影响严重、微观经营管理行政化严重、以及舟山保税区建区时间短，管委会管理体制需要不断完善优化、且面临保税区和自由贸易园区管理体制同时共建等管理体制问题，并分析了以上问题形成的主要原因是，分权结构与授权机制不合理、管理体制受管理环境和文化的严重制约、自由贸易园区国家立法缺位是受我国改革开放发展遵循摸着石头过河方法的惯性引导、以及微观经营中政府与市场的关系无边界等原因造成，基于以上问题和原因，并借鉴国外自由贸易园区管理体制的成功经验，借助战略管理理论、制度经济学、新公共管理和公共服务理论、现代政府组织理论的观点，认为我国自由贸易园区管理体制的应该从建立原则、分权结构、权力运行机制、组织结构、监管策略、微观经营市场化、园区公共服务管理、自由贸易园区国家立法等方面进行构建，并以舟山自由贸易园区管理体制建设为例，提出了舟山自由贸易园区管理体制的构建。