抗病基因是植物与病原菌长期相互作用的产物，对有效抵御植物病虫害的侵害起着重要的作用。但人类在抗病育种的过程中发现，病原菌种类繁多，且变异迅速，使某些原本具有抗病能力植物的抗病性很快丧失。因此，对植物抗病基因的研究一直是植物遗传学和抗病育种的研究热点。　　 水稻是世界上最重要的粮食作物之一，也是一种重要的模式植物。本文利用生物信息学及分子遗传与进化的研究方法，系统比较了水稻两个亚种93-11和日本晴基因组中NBS-LRR类型抗病基因(R基因)的遗传变异。研究结果显示：　　 两个水稻基因组之间397对最小差异配对的抗病基因中，约65％的R基因对具有很低的核苷酸差异度，平均为0.344％，与管家基因(House-keeping gene)核苷酸差异度基本一致；而剩下的～35％的R基因对则具有丰富的遗传变异，核苷酸平均差异度为5.4％。根据核苷酸差异度的大小等参数，本研究将水稻基因组中NBS-LRR类基因大致分为四类：第Ⅰ类NBS-LRR基因十分保守，以单基因和单基因位点基因为主，具有极其有限的遗传变异；第Ⅲ类NBS-LRR基因则与之完全相反，具有十分丰富的遗传变异，这类基因主要以多基因家族或基因簇基因为主；第Ⅱ类NBS-LRR基因遗传变异适中，差异度介于第Ⅰ类和第Ⅲ类之间；第Ⅳ类NBS-LRR基因为“存在/缺失”(P/A)型R基因，这类基因的遗传变异十分小，多数都具有十分古老的起源。此外，研究结果还显示，水稻基因组中仅有约11.2％的NBS-LRR基因处于明显的正选择压力之下，显著性的小于拟南芥基因组中的正选择NBS-LRR基因的比例；究其原因可能是水稻为人工驯化培育的产物，其可能受到较强人工选择的影响。