贵州白山羊TFAM和TFB2M基因表达、多态对肉质、屠宰性状的影响研究

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本研究以贵州白山羊为研究对象,采用PCR-SSCP、DNA直接测序、实时荧光定量PCR、克隆等方法克隆得到TFAM基因的cDNA序列并利用生物信息学分析TFAM蛋白的结构和理化性质等内容,同时探索了TFAM和TFB2M基因的mRNA表达规律和多态性对贵州白山羊肉质性状和屠宰性能的影响,为开展贵州白山羊肉质、屠宰性能的候选基因相关研究,提高地方山羊羊肉品质,加快品种选育提供依据。试验获得如下主要成果:1.首次得到的贵州白山羊TFAM基因的cDNA序列,通过生物信息学软件分析TFAM蛋白的结构和理化性质。TFAM蛋白ORF长741 bp,编码246个氨基酸。其理论等电点PI为9.74表明TFAM是酸性的,同时,TFAM蛋白氨基酸序列不存在跨膜螺旋结构不属于膜蛋白或分泌蛋白。TFAM蛋白功能分析表明TFAM蛋白在细胞被膜发挥功能的可能性最大,数值为13.18;基因本体分类表明,其可能发挥类似激素作用的概率数值为17.538。贵州白山羊和绵羊的氨基酸序列同源性为98.8%。2.试验筛选到TFB2M基因两个SNPs位点,分别是C-429T和A17110C,两个位点分别出现三种基因型CC、CT和TT,AA、AC和CC。群体遗传变异分析表明两个位点杂合度均较高,多态信息含量均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。χ2检验表明,该群体在两个位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态。TFAM基因没有筛选到SNPs。C-429T关联性分析结果显示,C-429T位点的CC和CT基因型个体系水力显著高于TT基因型个体(P<0.05);TT基因型个体骨重显著大于CT基因型个体(P<0.05),暗示该SNPs位点可能对贵州白山羊的肉质及骨重有影响。A17110C位点关联分析结果显示,AA基因型个体骨重显著大于AC基因型个体(P<0.05)。除此之外,其余肉质性状指标及屠宰性状指标均差异不显著,暗示该SNPs位点可能对贵州白山羊骨重有影响。3.C-429T和A17110C的单体型分析表明,AACC、CACC和CACT单体型在提高系水力,CACT单体型在提高剪切力,AACC和CATT单体型在提高骨重,AACT、CACC和CACT单体型在提高肉骨比,AACC单体型在提高骨率方面可能发挥调控作用。4.肉质性能指标间相关分析表明,失水率与熟肉率和大理石纹均为极显著正相关(P<0.01)。剪切力和系水力,大理石纹和系水力、熟肉率间呈显著正相关(P<0.05)。屠宰性能指标间进行相关分析表明,活重与胴体重、净肉重、皮毛重、腰部肌肉厚极显著正相关(P<0.01),与骨重显著正相关(P<0.05),与皮率显著负相关(P<0.05)。屠宰率与净肉重、腰部肌肉厚、净肉率、骨率、骨肉比极显著正相关(P<0.01),与骨重显著相关(P<0.05),与皮率极显著负相关(P<0.05)。胴体重与屠宰率、净肉重、骨重、皮毛重、腰部肌肉厚、净肉率、骨肉比极显著正相关(P<0.01),与骨率、骨肉比显著正相关(P<0.05),与皮率极显著负相关(P<0.01)。5.TFB2M基因生物信息学分析结果显示,A17110C位点处碱基变异致使其二级结构略微发生变化,最小自由能由-529.4 kJ/mol减少到-529.8 kJ/mol,结构稳定性略有增加。C-429T位于TFB2M基因的启动子区,预测发现存在2个可能的核心启动子区域。该SNPs位点使转录因子结合位点变化较大。同时,C-429T位点处于各软件预测的CpG岛区,但该位点对CPG岛的影响不大。6.实时荧光定量PCR检测TFAM基因和TFB2M基因在贵州白山羊各组织中的表达量。发现其表达规律分别是肺>小脑>垂体>心>下丘脑>肾>大脑>肝>脾;脾>肾>肺>垂体>大脑>心>小脑>下丘脑>肝。7.TFAM基因在肾组织、下丘脑、肺、大脑中的表达量分别与失水率、剪切力、胴体重、肉骨比呈显著正相关(P<0.05),在垂体、肝脏中的表达量与系水力、骨重呈显著负相关(P<0.05)。TFB2M基因在肺、脾、肾、垂体、肝脏、脾脏中的表达量与剪切力、失水率、肉色、大理石纹、大理石纹、大腿肌肉厚及活重呈显著正相关(P<0.05),而在肝脏中的表达量与剪切力呈显著负相关(P<0.05)。
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