基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)的蕈样肉芽肿发病机制初步研究

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:msjzkdy
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第一部分应用加权基因共表达网络分析蕈样肉芽肿相关新型生物标记物目的:蕈样肉芽肿是最常见的皮肤T细胞淋巴瘤,其临床及组织病理表现复杂多变,进入肿瘤期后缺乏有效的治疗手段,预后较差。为了探求蕈样肉芽肿的发病机制,寻找潜在的新型生物标志物,我们通过分析41个蕈样肉芽肿皮损活检组织的基因组图谱来寻找新的重要基因。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中获得蕈样肉芽肿的基因表达谱数据集。利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)模拟基因模块,选取阈值(0.5)筛选出最可能的相关基因(枢纽基因)。以KEGG数据库为基础,计算出模块特征根并建立重要的生物通道。结果:采用基于截断值的全基因组剖面收集的3,263个基因,模拟出4个基因模块。在黑色模块中发现了与蕈样肉芽肿相关的有意义的疾病信息,并且发现了 13个枢纽基因,包括 CFLAR,GCNT2,IFNG,IL17A,IL22,MIP,PLCG1,PTH,PTPN6,REG1A,SNAP25、SUPT7L和TP63,均与皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)和成人T细胞淋巴瘤/白血病(ATLL)有关。结论:包括蕈样肉芽肿在内的皮肤T细胞淋巴瘤中,IL17F、PLCG1、IFNG、PTH等基因已经报道,其他高不稳定的基因可能作为调控其生物过程和分子机制的新型生物标志物。第二部分枢纽基因在皮肤T细胞淋巴瘤细胞系Myla及Hut-78中的表达及其意义目的:验证枢纽基因在皮肤T细胞淋巴瘤细胞系Myla及Hut-78中的表达及意义。方法:RT-qPCR法检测皮肤T细胞淋巴瘤细胞系Myla、Hut-78及正常淋巴细胞中枢纽基因 IL17A、PLCG1、CFLAR、GCNT2、REG1A、PTPN6、SNAP25 及 STAT3 的 mRNA表达水平;免疫组织化学方法检测IL-17A及STAT3蛋白在Myla细胞株中的表达水平。结果:Myla及Hut-78细胞株与正常淋巴细胞组相比,显著高表达IL-17A、PLCG1及STAT3,显著低表达CFLAR、GCNT2、PTPN6,SNAP25在Hut-78细胞系中显著高表达,但在Myla细胞系中低表达。REG1A在Myla细胞株中显著高表达。免疫组化检测发现Myla细胞株强表达IL-17A及STAT3。结论:枢纽基因IL-17A、GCNT2、REG1A、SNAP25在蕈样肉芽肿细胞系Myla细胞株的表达与WGCNA分析一致,其中IL-17A及GCNT2在Hut-78细胞株中也显著差异性表达,提示与蕈样肉芽肿的发病有一定的关系。第三部分枢纽基因IL17A在蕈样肉芽肿皮损中的表达及意义目的:验证枢纽基因IL17A在蕈样肉芽肿患者皮损中的表达及意义方法:免疫组化法检测31例蕈样肉芽肿患者和20例银屑病患者皮损中IL-17A及其相关的IL-17F、IL-22和IL-23的表达水平;结果:IL-17A、IL-17F、IL-22、IL-23蛋白在非肿瘤期和肿瘤期蕈样肉芽肿皮损中的表达强于对照组银屑病组(P<0.05);IL-17A、IL-17F、IL-22及IL-23蛋白在肿瘤期蕈样肉芽肿皮损中的表达明显弱于非肿瘤期蕈样肉芽肿组(P<0.05)。结论:随着MF病情进展,IL-17A及其相关细胞因子IL-17F、IL-22及IL-23蛋白在皮损中表达减弱,提示枢纽基因IL-17A及其相关细胞因子与蕈样肉芽肿发生及发展相关,但是否具有抑制肿瘤作用需要进一步的研究。
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