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MicroRNA(miRNA)是一类长度约22nt的内源性非编码小RNA,与靶基因3’UTR结合在转录后水平调控靶基因的表达,在细胞增殖、分化、凋亡、神经发育、脂肪代谢等很多生物学过程中发挥重要作用。最近研究显示,miRNA在细菌、病毒感染中也发挥重要作用。肠炎沙门氏菌是一种食源性病原菌,具有重要的公共卫生学意义,主要通过侵袭肠道粘膜,引起严重的肠道炎症。宿主的遗传背景在鸡抵御肠炎沙门氏菌感染中起重要作用,不同品系(品种)的鸡对肠炎沙门氏菌的易感性／抗性有显著差异。近几年,Solexa高通量测序技术成为各物种microRNA分析鉴定的有力工具,目前关于细菌、病毒感染鸡的方面都有应用,microRNA在鸡肠炎沙门氏菌感染中的调控机制尚不清楚。本研究利用肠炎沙门氏菌感染20周龄白来航鸡,感染后第7天采集盲肠样品,对照组与处理组分别构建3个小RNA文库,即对照组：Cp1、Cp2、Cp3,处理组：Tpl、Tp2、Tp3,共6个文库。利用Solexa高通量测序技术分析鉴定肠炎沙门氏菌感染后差异表达的miRNA,并利用荧光定量PCR对测序结果进行分析验证,同时,利用荧光定量PCR分析肠炎沙门氏菌感染后白来航鸡与寿光鸡盲肠组织中miRNA与其靶基因的表达情况。结果显示：(1)通过Solexa高通量测序,在Cp1、Cp2、Cp3、Tp1、Tp2、Tp3六个文库中经过筛选获得clean data分别为1972566、3017995、2244711、10673073、1852677和2708904,分别占到其总读数的17.724%、33.542%、17.995%、58.832%、17.570%和30.987%。(2)通过生物信息学分析,共鉴定了404个已知的鸡miRNA以及194个新miRNA。处理组与对照组间共有37个显著差异表达microRNAs,其中已知的miRNA19个,包括15个上调miRNA和4个下调miRNA;预测的新miRNA共18个,包括7个上调miRNA和11个下调miRNA.(3)采用miRanda软件对差异表达的miRNAs进行靶基因预测,共预测到2897个不同的靶基因,其中636个靶基因仅由下调的miRNA调控(G1)；841个靶基因仅由上调的miRNA调控(G2)；1420个靶基因同时由下调和上调的miRNA调控(G3)。通过与Biomart数据库中免疫相关的基因比对,共得到176个免疫相关的靶基因。(4)利用DAVID数据库对靶基因进行功能分析,其中G1相关的生物学过程注释有118条,G2相关生物学过程注释有73条,G3相关生物学过程注释有178条,各组中均有免疫相关的生物学过程注释显著富集。显著富集的信号通路主要有细胞外基质-受体相互作用、糖酵解/糖异生、焦点粘连、黑色素生成和蛋白酶体等。(5)差异表达miRNAs的qRT-PCR验证,所选12个miRNA在白来航鸡感染后第7天对照组与处理组盲肠组织中表达均差异显著,其中11个miRNA的表达趋势与测序结果一致,且差异倍数相近。在白来航鸡感染后第14天盲肠中仅有4个miRNA显著差异表达,且调控方向均与测序结果相反；在寿光鸡感染后第7天盲肠组织中,11个miRNA显著下调。(6) miRNA与免疫相关靶基因互作关系分析,在白来航鸡感染后7天盲肠组织中,gga-miR-1416与TLR21、gga-miR-1416与BCL10、gga-miR-1662与TLR1LA、gga-miR-34a-5p与NOTCH和gga-miR-34a-5p与THBS1中miRNA与靶基因的调控方向相反；在寿光鸡感染后7天盲肠中,gga-miR-1416与IGJ、gga-miR-1416与TLR21、gga-miR-1662与TLR1LA和gga-miR-34a-5p与CCL4中miRNA与靶基因的调控方向相反。本研究鉴定出37个与肠炎沙门氏菌感染相关的重要候选miRNAs;炎症反应、免疫系统发育、淋巴细胞活性、NF-kB级联正调控等生物学过程及焦点粘连、蛋白酶体信号通路相关miRNA在肠炎沙门氏菌感染中发挥重要的调控作用；遗传背景影响miRNA与靶基因互作关系；gga-miR-1416、gga-miR-34a-5p及gga-miR-1662在肠炎沙门氏菌感染中起重要调控作用。为深入研究microRNA在肠炎沙门氏菌感染中的作用机制奠定基础,并为鸡的分子抗病遗传育种提供理论基础和科学依据。