近年来，中国高技术产业保持着较为快速的发展态势，在推进经济可持续发展、加快制造业转型升级、打造产业科技创新高地的进程中，发挥着引擎作用。在创新驱动发展与供给侧结构性改革的背景下，中国高技术产业创新取得了一定进展，但自主创新能力仍有待提升，核心技术的掌握仍是一个难题，技术获取仍然需要一定技术引进，重生产轻技术开发的问题依然存在。产业创新系统是国家创新体系的重要组成部分，是区域创新系统与企业创新系统的纽带，产业创新系统的资源要素涉及劳动力、资金、技术等创新资源要素，这些要素具有一定稀缺性。在创新资源有限的条件下，高技术产业创新系统资源配置的合理性和有效性将成为制约产业创新以及可持续发展的瓶颈，而资源配置效率是衡量和判断资源配置优劣的数量指标，也能够为资源配置有效性的改善指明调整方向。因此，以系统科学为视角，探析高技术产业创新系统内部结构要素和外部环境要素对资源配置效率的影响，利用资源配置效率的改进调整创新系统资源投入，能够准确把握制约创新系统资源配置效率优化的关键问题所在，对于推动中国高技术产业创新发展和提升产业核心竞争力具有重要的实际意义，也能为决策者重新审视产业创新资源配置提供一定科学参考。
　　第一，界定了高技术产业、创新资源、创新资源配置的基本概念，概述了产业创新系统的基础理论，阐明了高技术产业创新系统资源配置效率的内涵。在此基础上，构建了中国高技术产业创新系统资源配置效率的研究框架。
　　第二，综合评价了中国高技术产业创新系统资源配置效率。构建了投入产出指标体系，采用最大熵投影寻踪模型对产出指标进行降维，结合StoNED模型和动态评价模型测算了中国高技术产业创新系统资源配置效率，运用Dagum基尼系数及其分解法分析了效率的地区差异，并采用ESDA方法对效率进行了时空分异研究。
　　第三，系统分析了中国高技术产业创新系统资源配置效率的影响因素。基于产业创新系统理论，分别从系统层次结构中的创新主体要素、创新载体要素、创新制度要素以及系统外部的环境要素选取中国高技术产业创新系统资源配置效率的影响因素，运用BP-DEMATEL模型对效率的关键影响因素进行了识别，结合ISM模型探析了关键影响因素和非关键影响因素对效率的作用路径，采用面板空间计量模型考察了关键影响因素对效率的作用效果。
　　第四，构建了中国高技术产业创新系统资源配置效率优化的系统动力学模型。依据系统动力学的建模原理和步骤、系统边界和基本假设、模型设计原则建立系统动力学模型，借助因果关系图和流图分析了高技术产业创新系统资源投入与产出的演化过程，结合适应性检验和历史检验对系统动力学模型进行了有效性检验。
　　第五，运用系统动力学模型对中国高技术产业创新系统资源配置效率优化进行了仿真分析。调整系统动力学模型的控制变量参数，以此生成诸多模拟方案，得到计算机仿真结果，并考察高技术产业创新系统资源投入与产出对控制变量参数调整的敏感性。依据各个模拟方案的资源配置效率评价结果，在模拟方案集中选出最优方案，进而得到中国高技术产业创新系统资源投入的最优调整方案。
　　最后，提出了应对中国高技术产业创新系统资源配置效率的对策与建议。基于实证分析结果，分别从统筹中国区域高技术产业创新系统资源均衡配置、驱动中国高技术产业创新系统资源配置效率改善、优化中国高技术产业创新系统资源投入等三个方面提出有针对性的对策与建议。