越来越多的研究表明肠道微生物与哺乳动物的生理和健康密切相关。与人和其他模式动物相比,蝙蝠,作为哺乳动物的第二大类群,其肠道微生物的研究相对较少。之前在小鼠肠道微生物的研究表明,粪便样品并不能代表整个肠道区段来研究宿主的肠道微生物多样性。本论文以两种共栖食虫蝙蝠为研究对象,首先,解析这两种蝙蝠肠道微生物多样性,并与之前在其他蝙蝠及哺乳动物的研究结果进行比较;其次,探讨粪便样品和不同肠道区段肠道微生物多样性的差异以及两种蝙蝠在同一取样部位肠道微生物组成的差异。通过对小肠、大肠、粪便所含微生物的16S rRNA扩增子v3-v4区进行高通量测序。对测序数据进行质控、拼接、操作分类单元聚类、比对、α分析及β分析,得到两种蝙蝠三个不同取样部位所含微生物的种类和丰度,以及对于同种蝙蝠的三个不同取样部位和同一取样部位在两种蝙蝠上的微生物的组成差异分析。结果表明,在两种蝙蝠中,变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门是三个取样部位的主要菌群构成。结合已有对蝙蝠肠道微生物的研究发现,γ-变形菌纲可能是蝙蝠的优势纲,而食肉哺乳动物中常见的梭杆菌门在两种食虫蝙蝠中很少。且在两种蝙蝠中都发现,α多样性随着取样部位的不同存在着差异,而β多样性却不存在差异。因此,本研究认为粪便样品不能替代其他肠道区段来解析宿主微生物多样性。本论文的另一个重要发现是宿主遗传差异对小肠的肠道微生物几乎没有影响,这暗示小肠微生物可能代表着蝙蝠祖先共同菌群。本研究详细地指出了两种食虫蝙蝠的三个取样部位(小肠、大肠、粪便)微生物组成及多样性差异,为蝙蝠肠道微生物的研究做出一定贡献。另外,本研究暗示了在肠道微生物研究中选择合适的取样部位的重要性。在今后的研究中,将继续探讨宿主遗传差异,食性,性别等因素对不同肠道区段微生物多样性的影响及宿主与肠道微生物间的相互作用。