战略性新兴产业“十三五”发展规划提出加快推进产业链、创新链、价值链全球配置,到2020年发明专利拥有量年均增速达到15%以上,产业增加值占国内生产总值比重达到15%。尽管我国战略性新兴产业发展增速较快,但仍存在整体创新水平不高、自主创新能力不足、行业发展非均衡等问题,资源错配、效率损失现象凸显。鉴于此,本文以战略性新兴产业所依托的行业为研究对象,试图对各行业创新发展过程中的效率损失进行测度分析,探讨效率损失影响因素,提出相应对策建议,为降低战略性新兴产业创新效率损失提供参考。本文基于创新价值链和创新效率等理论,结合国内外学者对战略性新兴产业的研究,对战略性新兴产业创新阶段进行合理划分,构建投入产出指标体系。采用随机前沿分析法对2016-2018年战略性新兴产业研发创新、成果转化、产品创新三个阶段效率进行测度,比较分析各细分行业效率损失差异,在此基础上探究各阶段效率损失影响因素,最后提出具有针对性的对策建议。通过实证分析,本文研究结论如下:(1)战略性新兴产业各环节创新效率未实现同步发展态势,成果转化效率最高,产品创新效率次之,研发创新效率最低,三个环节整体创新水平均有较大提升空间。(2)产业间存在异质性,创新差距较大,新能源产业研发创新效率最高,新一代信息技术产业成果转化效率、产品创新效率最高;节能环保产业研发创新效率、成果转化效率最低,新能源产业产品创新效率最低;生物产业各行业间差距最大且成果转化效率普遍较高,而新材料产业各行业间产品创新效率普遍较高。(3)研发经费强度对研发创新效率,研发人员强度、产学研合作程度、研发创新效率对成果转化效率,均呈现出显著正影响,而研发经费强度、政府支持力度、成果转化效率对产品创新效率显著负影响。本文提出四个建议:研发优先,优化创新资源配置;分阶段合理进行资金补贴;强化战略性新兴产业企业创新主体地位,发挥高校及科研机构技术支撑作用;创新各环节补足短板,实现产业协同创新。