用原子力显微镜表征AP-1与mdr1基因5’端非转录区DNA的蛋白-DNA复合物的实验研究

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目的:多药耐药是肿瘤化学治疗中的主要障碍,而mdr1基因又是引起多药耐药的主要原因。对mdr1基因启动子区域DNA的构象及其DNA控制元件的研究对于深入了解其遗传信息,进而探讨其引起多药耐药的发生机制有重要意义。AP-1蛋白是mdr1基因启动子区域DNA重要的调节蛋白,但是目前尚无对该蛋白-DNA复合物研究的直接报道。本研究应用原子力显微镜对K562/A02细胞株中mdr1基因5’端非转录区即启动子区域的DNA的构象进行初步研究,进一步探讨mdr1基因启动子区域的DNA及其重要的调节蛋白-转录因子AP-1之间的构象关系,并通过该蛋白-DNA复合物的构象分析为更好地了解多药耐药发生机制的基础研究提供一定的依据。方法:通过PCR技术扩增K562/A02细胞株mdr1基因启动子区域-755~+14范围769bp的目的DNA,用三种不同的DNA纯化试剂盒对目的DNA进行纯化效果的比较,用纯化效果较好的试剂盒收集目的DNA,将其与经spin-column(Ultrafree-MC 0.22)纯化柱纯化后的AP-1粗提蛋白在最佳连接条件下孵育形成DNA-蛋白复合物。将纯化后的目的DNA、蛋白及蛋白-DNA复合物固定在用Mg2+预先处理过的新剥离的云母片上分别制备DNA、蛋白及蛋白-DNA复合物的AFM样本。用Nanoscope AFM原子力显微镜,表征及分析K562/A02细胞株中mdr1基因启动子区域的DNA构象及其与其重要调节蛋白AP-1形成的蛋白-DNA复合物构象。结果:1.探讨生物素标记对PCR技术扩增DNA的影响:AFM观察结果表明生物素标记PCR扩增出的769bp的DNA长度明显异于该长度下的DNA B-构象的理论值长度(261.46 nm),且标记率不足20%,因此我们推断生物素标记会对DNA的PCR扩增产生影响,其机制需进一步探讨。2.探讨获得最佳DNA纯化效果的DNA纯化试剂盒:通过对三种DNA纯化试剂盒纯化产物的AFM图像比较,建议其中DNA小量胶回收试剂盒及琼脂糖凝胶DNA纯化试剂盒可用于原子力显微镜的DNA制样。3.探讨用于AFM观测的DNA样本的最佳浓度范围:通过对终浓度为5ng/ul~20ng/ul DNA的AFM图像的观测,推测AFM观测该K562/A02细胞mdr1 DNA样本的最佳浓度为10ng/ul左右。4.通过AFM表征获得该目的DNA的分子轮廓,结果如下:DNA分子链的长度为260.13±2.29nm,平均宽度为11.88±0.92nm,双链的平均高度为1.2nm(n=50);以上数据均符合AFM的DNA观测要求。5.获取AP-1蛋白粗提物纯化产物的AFM蛋白图像:通过比较AP-1蛋白粗提物样品与用spin-column(Ultrafree-MC 0.22)纯化柱对AP-1蛋白粗提物纯化后的样品的AFM图像,我们认为spin-column(Ultrafree-MC 0.22)纯化柱对
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