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本实验室前期以中国荷斯坦奶牛为研究群体，采用软件QTL Express和MQREML的分析结果表明，在6号常染色体(BTA6，Bos Taurus Autosome 6)上的标记BMS470附近存在影响产奶性状的QTLs，为精细定位这些QTLs，我们在标记BMS690和BM4528之间14.3cM的范围内选取了17个微卫星，检测了8个显著家系的918头荷斯坦奶牛基因组样品，包括14个已知标记和3个新筛选的标记。
微卫星基因型的判定依据荧光引物-PCR结合ABl377测序仪荧光电泳扫描及 GENESCAN3.0-Genotyper2.5软件分析技术。本实验采用的是女儿设计，916头母牛分别隶属于8头公牛，每头公牛的女儿数在47到233不等。所用17个微卫星标记的平均等位基因数为7.0588，平均杂合度为0.7089，平均多态信息含量为0.6678，选择的微卫星标记可以满足QTL精细定位的要求。另外由于产奶性状的表型记录中存在着重复记录，这会不便于下一步的定位分析，所以对57134条记录利用PEST软件进行表型性状的育种值估计。
本研究对305天的产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率5个产奶性状的QTL精细定位依据了两种方法：基于IBD片段的方差分析方法和基于标记基因型值的线性回归分析。通过IBD定位，将产奶量、乳蛋白量和乳脂量的QTL定位于BMS483和MNB-209(0.62cM)两标记之间，而乳蛋白率和乳脂率的OTL没得到定位。通过回归分析，将产奶量、乳脂量和乳蛋白量三个量性状的QTL定位于标记MNB-209附近，将乳脂率和乳蛋白率两个率性状的QTL定位于标记DIK2291附近。以上定位结果无疑给下一步位置侯选克隆工作打下很好的理论基础。