2020年1月1日新《外商投资法》的生效,结束了一直以来外资企业主要受外商投资企业法调整,内资企业主要受《公司法》调整的“双轨制”模式,确立了我国新外商投资企业法律体系的基本框架。新《外商投资法》与《公司法》明确了各自之间的职能划分,两法之间的纠葛得以梳理。根据《外商投资法》的规定,原外资企业的治理结构等将依照《公司法》规定进行调整,由于存量中外合资经营企业（以下简称“合资企业”）数量占我国外资企业的绝大多数,因此本文以合资企业为例,探讨《外商投资法》下原合资企业治理结构的重大变革。针对合资企业的调整,按照《公司法》中股东会、董事会、监事会“三权分立”的结构,使其分别对应合资企业的所有权、管理权、监督权,这是在《外商投资法》实施后合资企业合规调整的核心内容。这次调整不仅是着眼于两套法律规则之间的差异,更是一个审视企业现有治理结构的机会。如何结合法律规定与股东关切,并对合资企业章程与合资合同进行修改调整以符合《公司法》规定,是合资企业在新法下经营发展的关键一步。文章分为四个部分,为四章:第一章通过回顾外商投资企业法的历史沿革,分析《公司法》与外商投资企业法的渊源,找出二者“双轨制”的成因。并对二者法律适用原则及主要法律规范冲突进行论述,归纳总结出“双轨制”结束与新《外商投资法》的颁布有着其必然性。第二章以《公司法》原理中的治理结构:权力机构、执行机构和监督机构为内容分别展开,对比列出与《中外合资经营企业法》中相关制度的差异点,并论述原合资企业治理结构存在的缺陷与风险。第三章对于合资企业治理结构调整的过程中,可能涉及股东争议的问题,如企业决策权重心与表决权分配等提出方案:是对董事会与股东会进行职权的彻底划分,还是增强董事会的实际控制权和影响。并从大股东角度与小股东角度分别论述股东关切的问题并提出建议。第四章明确了合资企业章程与合资合同在《外商投资法》下的地位变化,章程的地位上升而合资合同的地位下降。实践过程中,巨大的章程与合资合同修改工作量将是新法下合资企业合规的重难点,所以本章提出了合资企业章程修改与提交的备选方案,归纳了合资合同需要删除的旧条款和增加的新条款,并对合资企业的理想合规调整时机与步骤提出建议。综上所述,本文以合资企业为例,探讨新《外商投资法》下的原合资企业的合规问题,对治理结构调整过程中可能涉及的问题进行论述并提出参考建议。从基本理论出发且立足实际,着重于新法下合资企业治理结构调整的实务研究,对新《外商投资法》下合资企业依据《公司法》进行合规实务操作有一定参考价值。