近年来,国家加大保障性住房建设力度,计划在2015年实现城镇保障性住房覆盖率达到20%以上,面对数量大、时间紧的重大民生工程,2012年审计署加大跟踪审计力度,对31个省、区、市、5个计划单列市等,包括廉租房、公租房、经济适用住房、各类棚户区改造在内的各类保障性住房项目的资金投资使用、项目建设、分配运行、后续管理、配套政策执行情况以及取得的成效等情况进行了跟踪审计。面对资金规模如此巨大、关系民生的重大政府投资项目,如何对其进行全面的、有效的审计监督促使其发挥应有的社会效益和经济效益成为重大而现实的审计课题。本文结合国内外有关保障性住房跟踪审计的相关研究现状,以公共受托责任理论、免疫系统理论、社会保障理论、公平分配理论以及住房过滤理论作为理论支撑,深入探讨保障房性住房跟踪审计在资金筹集管理及使用、项目工程建设、分配运行以及效果评价共四个方面的审计内容,介绍保障性住房跟踪审计程序及方法,重点阐述计算机审计方法在保障性住房跟踪审计中的应用。以S市保障性住房项目跟踪审计为例,详细说明在实际操作中如何体现跟踪审计的工作方式与方法,以及保障性住房项目审计的具体操作流程。根据案例分析结果,结合理论分析,就如何完善保障性住房项目跟踪审计提出相关建议：优化保障性住房跟踪审计环境、创新保障性住房跟踪审计方法、完善信息化条件下的跟踪审计方式、合理定位保障性住房跟踪审计介入深度、科学配置保障性住房跟踪审计人力资源。