计算机辅助理性设计提高从线嘴壳(Ophiostoma piceae)胆固醇酯酶的热稳定性

来源 :福建师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:XFJ1988
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
Ophiostoma piceae胆固醇酯酶(EC 3.1.1.13)能高效催化胆固醇酯的水解;或在非水相条件下的胆固醇的酯化反应。O.piceae胆固醇酯酶在食品加工、制药(核苷类或固醇类激素的合成)、纸浆树脂障碍的控制等领域具有重要的应用价值。胆固醇酯的可溶性差,底物浓度低,严重降低了酶的催化效率。高温有助于增大胆固醇酯的可溶性,提高反应体系中底物的浓度,进而提高反应速率。O.piceae胆固醇酯为中温酶,热稳定性欠佳。本论文采用生物信息学手段,构建、评估并筛选了O.piceae胆固醇酯酶热稳定性突变体电子文库;对电子文库中存在盐桥效应、脯氨酸效应和突变位点位于β-转角的突变体,分别进行了实验验证;纯化并测定了阳性突变体催化水解反应的动力学参数。具体实验结果如下:1、分别测定了Bacillus subtilis脂肪酶A(缩写为:BSA)、Burkholderia sp.脂肪酶(缩写为:BCL)和O.piceae胆固醇酯酶(缩写为:OPE)的基本酶学性质及三种酯解酶水解可降解聚酯高分子材料(以聚ε-已内酯和聚醋酸乙烯酯为模型底物)的活性。纯化后的BSA、BCL和OPE相对分子量分别为:24 k Da,34 k Da和76 k Da。BSA、BCL和OPE催化水解反应的最适温度分别为40℃,40℃和35℃;最适p H分别为8.0,8.0和7.5。三种酯解酶均对中链脂肪酸酯(C8-C10)表现出偏爱性。BSA和BCL水解聚ε-己内酯的初始速率分别为57和80μg min-1U-1;OPE水解聚醋酸乙烯酯的初始降解速率为4.4×10-3μmol min-1U-1。2、利用生物信息学手段,构建、评估并筛选了OPE热稳定性突变体电子文库;并基于可能存在的突变效应,对电子文库中的突变体进行了分类。运用Fold X、Rosetta和Po PMu Si C软件,经逐一评估并筛选后,构建出一个包含1675个热稳定性突变体的电子文库;突变体电子文库的筛选标准及流程具体如下:(1)排除催化三联体发生突变的突变体;(2)突变后导致蛋白结构不稳定的突变体,包括:突变后导致蛋白质空间结构冲突、突变后的芳香族氨基酸和甲硫氨酸残基暴露到蛋白质分子表面、突变导致蛋白质的氢键和盐桥作用力减少,但又没有替补作用力、α-螺旋被破坏等;(3)突变位点位于β-转角的突变体进一步筛选流程为:(1)对OPE蛋白所有的β-转角进行柔性分析并排序;突变位点位于柔性分析排名前五的β-转角才进入进一步筛选;(2)统计分析热稳定蛋白的β-转角类型及各个类型的氨基酸组成偏好性;(3)突变后的氨基酸符合上述热稳定蛋白β-转角组成氨基酸偏好性统计规律;(4)存在脯氨酸效应的突变体进一步筛选流程为:(1)突变后脯氨酸,所在位置的二面角应在下列范围(φ=-90 to-40°,ψ=120 to180°或ψ=-50 to 10°);(2)相对溶剂可接触表面积RSA>50%;(3)Δz_RMSF(370K-300K)>0;(5)存在盐桥效应的突变体进一步筛选流程如下:(1)形成盐桥的氨基酸残基在一级结构上的间隔距离≥5;(2)形成盐桥的两个氨基酸残基,至少其中一个氨基酸残基的相对溶剂可接触表面积大于50%。OPE热稳定性突变体电子文库中,存在上述三种效应的突变体,经过上述筛选流程,最终筛选出25个候选突变体,其中6个突变体位于β-转角位置、9个突变体存在盐桥效应、10个突变体存在脯氨酸效应。上述25个候选热稳定突变体,将被进行后续实验验证。3、利用定点突变技术,构建、表达、纯化并实验评估上述25个候选热稳定OPE突变体。利用定点突变技术构建并测序验证上述候选突变基因;突变基因经毕赤酵母异源表达、亲和层析色谱柱纯化后,获得电泳纯突变体重组蛋白;分别测定突变体重组蛋白的T50及半衰期t1/2,并与野生型OPE进行比较。实验结果表明:突变位点位于β-转角的热稳定突变体,叠加突变体OPE-S109P/S271P热稳定性显著,T5030提高了8.9℃,半衰期t1/2是野生型OPE的3.6倍;存在盐桥效应的热稳定性突变体OPE-A231E,T5030提高了11.8℃,半衰期t1/2是野生型OPE的6.4倍。双突变体OPE-T383E/A355E的T5030提高了16.7℃,半衰期t1/2是野生型OPE的10.5倍。存在脯氨酸效应的叠加突变体OPE-D136P/V252P,T5030提高了11.6℃,半衰期t1/2是野生型OPE的4.5倍。
其他文献
次生生长是由维管形成层产生的一系列活动的过程,是木本植物中最重要的生命活动。木质素,仅次于纤维素,不仅是陆地生物圈中最丰富的有机化合物,而且能够增强植物机械强度、疏导水分和抵御病原菌的侵害。木质素是限制植物细胞壁酶解利用的主要成分,通过基因工程的方法能够减少木质素的含量或改变其结构,从而使其利于生产和实践。然而,改变木质素的组成和含量会对植物生长产生多种不利影响,甚至导致植物矮化。因此,平衡植物体
妫水河作为延庆的母亲河,是北京市重要的供水水源河道和水源保护区。随着延庆区社会经济的快速发展,流域内生产生活活动所引起的面源污染问题日益突出。为提升妫水河水质和流域生态环境质量,在妫水河流域开展面源污染防治研究具有重要意义。本研究以妫水河流域为研究对象,在查阅文献、现场调研和资料收集的基础上,通过污染系数法对妫水河流域面源污染负荷进行计算,分析面源污染来源。利用PhosFate模型分别进行妫水河径
磷是植物必需的营养元素之一,土壤中的有机磷多以植酸等络合态存在,很难直接被植物吸收。通过酶解法可降解植酸,释放磷元素,有效解决这一难题。双功能域β-折叠桶植酸酶(phy HT)是一种新分离出的催化活性高,热稳定性好的植酸酶,深入解析其结构、功能特性,探索其应用条件,具有重要的理论和实践意义。本论文以双功能域β-折叠桶植酸酶(phy HT)为研究对象,采用分子生物学、蛋白质晶体学、结构生物学等方法,
油松(Pinus tabuliformis)为中国特有树种,是华北森林的代表性物种,有着涵养水源、固碳释氧等多种生态功能。本文以河北辽河源油松次生林为研究对象,围绕着不同林龄油松次生林群落结构与生产力特征,研究了油松次生林的群落结构多样性与异质性,分析了不同林龄油松次生林的林下更新和优势种功能性状特征,并通过冗余分析、逐步回归、结构方程模型等方法进一步探讨了群落结构多样性、功能性状和环境因子对生物
目的:探究2型糖尿病患者发生轻度认知功能障碍(Mild cognitive impairment,MCI)的危险因素及临床风险指标,评估维生素D缺乏与糖尿病患者发生MCI的相关性。使用骨化三醇对2型糖尿病伴MCI的患者进行干预,明确其干预的效果。方法:1.入组2型糖尿病伴主诉近期记忆减退患者173例。进行临床问卷调查和Mo CA评分及各项临床指标检测,分为认知正常组(normal cognitio
植物在生长过程中会遭受各种逆境胁迫。干旱是全球最严重的非生物逆境之一,严重影响农作物的生长、发育、产量和品质。植物耐旱响应网络是一个涉及多层面多基因互作的复杂调控网络,在遗传上受多基因控制。渐渗系可以减少复杂遗传背景的干扰,是定位复杂数量性状的经典材料。micro RNA是一类内源非编码小RNA,主要在转录和转录后水平调控基因的表达。近年来,越来越多的研究表明micro RNA在植物生长、发育和逆
β-蒎烯作为一种重要的松节油组成成分,具有细胞毒性低、生物相容性好、价格低廉、反应活性高、绿色环保等诸多优点。到目前为止,β-蒎烯的氧化产物诺蒎酮已经被用于合成一系列高附加值衍生物,其大多数应用于医药中间体、手性催化剂、杀虫剂等领域。本文以诺蒎酮为原料合成了一系列具有一定荧光特性的诺蒎酮衍生物,并采用NMR、GC-MS、HRMS和X-射线单晶衍射等多种手段对目标化合物进行全面表征。本研究还实现了诺
历代都有游记作家,但此前没有一个朝代像明代那样如此之多、如此之整齐。明代是中国记游文学空前发展的兴盛时期,在中国文学史上有着非常重要的地位。明代保存了数量巨大的游记,蕴藏着巨大的文学研究价值。本文在前人研究的基础上,通过仔细梳理,认真分析,概括总结,从文学视角出发,以典范文本为研究对象,对明代的游境写心书写,做了较为深入的分析与总结。论文由绪论、正文、总论三部分组成。绪论部分对选题缘起与创新设想、
2013年家庭农场首次在中央一号文件中出现,文件提出“创造良好的政策和法律环境,采取奖励补助等多种办法,扶持联户经营、专业大户、家庭农场”。家庭农场是农户家庭经营的升级版,它是以农民家庭成员为主要劳动力,以农业收入为主要收入来源,从事规模化、集约化、商品化农业生产的新型农业经营主体。家庭农场是发展现代农业的有生力量,其实践进程被大大加快。但是家庭农场的发展却存在各种问题,主要表现在:第一,家庭农场
“基因编辑”和“肿瘤治疗”作为当今生命科学领域的两大研究热点,都存在着一些亟待解决的科学问题:在基因编辑领域,CRISPR-Cas9基因编辑技术由于Cas9表达的不可控性导致的脱靶效应会产生严重、不可预估的副作用,因而被极大地限制了其临床应用。在肿瘤治疗领域,手术切除、化疗、放疗作为当前肿瘤治疗最为推荐的方式,却由于治愈率低、副作用大而倍受诟病;而新兴的肿瘤免疫疗法虽然能产生良好的治疗效果,却由于