淫羊藿是毛莨目小檗科植物，我国传统中药材之一，具有补肾阳，强筋骨，祛风湿等功效，淫羊藿化学成分复杂，其中的黄酮醇苷类物质是其主要活性成分。此外，淫羊藿的花色丰富，花形态多样，叶片形状各异并且叶色或随着季节和物种的变化呈现出多样性化，或是具有斑斓的色斑。淫羊藿属植物作为一种新型园林植物，已逐渐被广范应用大家庭接受。　　 本文利用TAIL-PCR技术从箭叶淫羊藿(Epimedium sagittatum)叶片中克隆得到查耳酮合成酶(chalcone synthase)、二氢黄酮还原酶(dihydroflavonol4-reductase)、花青素合成酶(anthocyanidin reductase)三个基因的启动子序列。分析结果显示三个基因的启动子区均具有TATA BOX、CAAT BOX、MYB、MYC结合位点等元件。将从箭叶淫羊藿(E.sagittatum)、木鱼坪淫羊藿(E.franchetii)、粗毛淫羊藿(E。acuminatum)、直距淫羊藿(E.mikinorii)、黔岭淫羊藿(E.leptorrhizum)五种淫羊藿的CHS三个启动子序列比较分析显示核苷酸多态性存在差异。进化分析表明CHS、DFR启动子区作为研究淫羊藿属系统发育的核苷酸序列有广阔的应用前景。　　 核基因应用于系统发育分析已经成为一种趋势，本文从基因的倍性和独立性出发，在植物的次生代谢途径中找到单拷贝的核基因玉米黄质环氧化酶(zeaxanthin epoxidase)基因，进行了多态性分析，结果显示ZEP启动子区和内含子区域在属内多态性丰富，编码区在科内多态性较好，此外中性检验和异质性检验的结果表明ZEP编码区在植物界进化是中性的，匀质的。　　 因此本研究认为ZEP的不同区域可以应用于植物界不同分类阶元的系统发育分析或分类分析。