毒品犯罪是一种常见多发的故意犯罪，如何认定行为人在犯罪故意中主观上是否“明知”，关系到罪与非罪的法律问题，这就要求我们司法实践中必须准确理解和把握明知的疑难问题。近几年来随着科学技术的不断发展，犯罪的手段日益隐蔽，出现了很多新花样和新形式，再加上故意犯罪具有自身的特殊性，导致认定行为人犯罪故意中主观是否“明知”成为司法实务一大难题。为了及时、有效的打击犯罪，保障人权，防止冤错案件的发生，本文以理论与实践相结合为视角，深入分析了故意犯罪中明知的基本问题，并以毒品犯罪案件为切入点，通过对毒品犯罪中“明知”的法律问题进行学理分析和理论研究，总结出以刑事推定的方法来判断行为人主观明知，不但是认定犯罪事实的重要方法，也是打击刑事犯罪的必然选择。本文详细论述了推定的含义、推定在犯罪故意中主观明知认定的意义、推定的具体运用，同时针对推定在司法适用中存在的各种困境与阻碍，指出司法实务中除了要正确认识明知推定制度存在的局限性外，更为重要的是要进一步完善犯罪主观明知推定制度，而且司法人员在办理具体案件中，要以正确的方法和严密的逻辑结构进行推理，为司法实践中类似问题的处理提供参考。