财务报告反映了上市公司的财务状况、经营成果、现金流量等重要的财务信息,而审计报告是对上市公司披露的财务报告内容的真实可靠性和合法公允性的鉴证,这两者是财务报表使用者获取企业重要经济信息的来源,意义重大。审计报告中居首要地位的审计意见类型是财务报表使用者用来判断财务报告可信性的主要依据,分析会计师事务所出具不同类型审计意见的影响因素显得至关重要。通过研究以往审计意见影响因素文献,笔者发现大部分学者的研究是对证券行业整体的研究,分行业研究的甚少,每个行业都有其行业特殊性,影响审计意见的因素也不同。因此本文以某一行业为研究对象,并选取具有本行业特点的指标,如研发费用强度指标,无形资产专利权价值指标和环境保护能力指标。本文选取的行业为医药行业,医药行业作为一个朝阳产业,一直以来受到投资者们的青睐,被认为是发展前景广阔的一个行业,它关乎国计民生,与百姓最为贴近。本文首先从研究背景和研究意义出发,然后简单介绍审计意见的相关理论基础,之后结合国内外关于审计意见影响因素的研究,先从理论分析哪些因素可能影响审计意见的类型,之后提出理论假设,设置变量,从上市公司角度和会计师事务所角度分别选取了十个代表性变量进行分析,选取了我国医药行业上市公司2012年至2014年样本数据,使用SPSS17.0对样本数据进行描述性统计、相关性分析、共线性检验以及二元Logistic回归检验等,着重进行了实证研究。实证检验结果显示:研发费用强度、独立董事比例、净资产收益率、资产负债率、资产流动性指标与审计意见具有显著相关性,审计费用指标接近显著。其他指标不具有较高显著性。最后从研究结论中发现了问题,针对这些问题提出了相应的对策和建议,并对论文的下一步研究做出了展望。通过本文的研究,希望可以为注册会计师的审计、证监部门的监管及投资者决策提供参考依据。