现代资本结构理论表明，资本结构是公司相关利益者权利义务的集中反映，影响着公司的治理状况，进而影响公司的价值。20世纪50年代Modigiliani和Miller提出著名的MM理论，至此之后，资本结构理论获得前所未有的发展，随着其在现实经济领域中的不断运用，资本结构理论已成为现代公司财务理论的重要组成部分，经过长期理论探讨，西方资本结构理论已相对完善，而在我国关于资本结构的研究还处于起步阶段，尤其对资本结构影响因素的研究还不够深入。 正处于高速发展阶段的我国生物医药行业与其他行业相比有着显著的行业特点，为排除多行业混合研究时行业因素的干扰，本文以我国生物医药上市公司为研究对象，从研究上市公司资本结构的角度入手，以现代资本结构理论为指导，在借鉴国内外已有研究成果的基础上，对我国生物医药和制造业上市公司资本结构影响因素进行对比研究，试图寻找改善我国生物医药上市公司资本结构、提高公司价值的基本途径，为生物医药上市公司的可持续发展提供借鉴。 本文主要利用我国生物医药和制造业上市公司2005年的财务数据，采用定性分析与定量分析相结合的方法，较全面系统的对比研究了我国生物医药和制造业的资本结构，从实证的角度探讨了我国生物医药上市公司资本结构的影响因素。 最后文章提出了优化我国生物医药上市公司资本结构的建议。在对资本结构影响因素分析的基础上，本文从两个方面对资本结构的优化提供建议。其一是从公司自身的角度，侧重结合自身特征选择合适的资本结构和融资方式。其二是从国家政策的角度，侧重为企业的融资提供良好的制度环境。