农村学校布局调整导致一些地区义务教育不公平、一些相关利益主体利益受损等问题。在农村学校布局调整程序中，存在不同的利益主体，委托代理关系因为信息的不对称得以形成，但是因为利益诉求的不同存在委托代理问题。作为一项教育政策，农村学校布局调整应该促进农村地区教育公平和教育质量的提高；作为一项公共决策，农村学校布局调整应该保障公众利益的实现。农村学校布局调整程序正义能够在促进以上两个方面起到作用。参与权的保障、信息能力的拥有、平等的利益诉求、政府的应然态度和政策的反馈与监督是农村学校布局调整程序正义问题的五个基本要求。在参与权的保障方面，存在参与机会较少、参与成本较高、参与意愿薄弱、民主意识薄弱等问题。在信息能力拥有方面，存在信息能力应用的时机剥夺、直观利益影响、理性与从众并存问题。在利益诉求方面，学生主体存在同伴交往焦虑、对新学校的适应过渡、学习压力凸显、学习环境认同、课余部分时间被校车占用、家长代理利益冲突、学生辍学倾向方面的问题；家长主体存在车费较贵、多子女家庭的无奈、家校距离影响对撤并看法的问题；教师主体存在家校距离变远、工作量增加、岗位调动的被动安排等问题；村民主体涉及对村小撤并带来的寂静、村小故事代代相传、村民亦是家长的关注角度混合等问题；学校主体涉及便于管理、减少支出、教育质量提升、改善其他村小师资短缺问题等方面内容；教育行政部门涉及资源的有效利用、教育经费的充实、教育质量的提升、担心校车出事方面的内容。在政府的应然态度方面，涉及经济利益的提升、公众利益的实现不力、教育价值引领作用的实现与夭折等内容；政策的反馈与监督涉及校长对校车私自停运问题的反馈、教育局对低龄儿童就学的反馈、教育局对校车费用问题反馈等方面。教育行政部门应该对中心校的村小撤并工作加大监管、制定农村学校布局调整的多元标准、举行相关利益主体的讨论会议、对相关问题进行解释说明、充分考虑“最小受惠者”的利益与底线、完善校车制度。各利益主体应提高参与意愿与信息能力、综合考虑直观利益和长远利益。