从“三农问题”的角度出发,2002年党中央、国务院将农民健康水平的提高与农村卫生状况的改善作为统筹城乡区域经济社会发展的重大举措,通过了建立全民覆盖的新型农村合作医疗制度的战略目标。山东省作为农业大省,于2003年率先启动了新型农村合作医疗制度试点工作,取得了一定的成效。但是在试点工作过程中,难免暴露出部分问题,因此,如何对新农合制度的运行绩效进行合理有效地评价可以推动其持续稳健发展。本文回顾和梳理了新型农村合作医疗制度相关的基本理论,并以此为基础分别从参合情况、受益情况、筹资情况等方面分析了2011年山东省新农合制度的运行状况及暴露出的问题。同时采用因子分析法对山东省新农合制度的运行进行了绩效评估。在此过程中创新性地以逻辑模型为基础并引入绩效评价“4E”准则,从投入、过程、产出和影响四个方面来设计完整的指标体系。最终选取了参合率、住院补偿比、人均筹资等13个指标,以山东省17地市为实证对象对其新型农村合作医疗制度的运行绩效进行了定量评估。实证研究发现：新农合的运行效率与地域分布有较大关系。综合来看,新农合的东西差异与南北差异明显,总体呈现出“东高西低,北高南低”的特点和地域差异,这与公平性相悖,我省应注重公平,提高新农合制度的总体绩效。本文科学客观地评价新型农村合作医疗制度的运行绩效,对于相关部门制定决策和绩效考评有一定的理论意义。本文深入分析山东省新农合制度运行的状况和存在的问题,有助于完善山东省的基本社会保障、推动社会主义新农村建设和山东省新农合的持续健康发展。