渤海是黄海乃至整个北方海洋渔业资源的源头。面积约7.8万平方公里的渤海,是黄海、渤海乃至东海多种经济鱼虾类的主要产卵场、育幼场和索饵场,黄、渤海有鱼类300余种。历史上,渤海最高年捕捞量约占全国捕捞总量的十分之一。渤海渔业对全国海洋渔业的发展意义重大。但是,自上世纪80年代以来,由于长期的酷渔滥捕和水域污染、涉海工程建设等人为因素的共同影响,渤海渔业资源严重衰退,生态结构遭到严重破坏,生物多样性明显下降,种类组成趋于小型化、低质化,资源生产功能严重退化。为了更好地保护和合理利用渤黄海渔业资源,采用不同分子标记对一些具有重要经济价值或生态学意义的鱼类进行群体遗传分析,是鱼类生态学、水产资源学以及鱼类遗传与育种学不可缺少的应用基础性的研究工作。本研究主要包括三部分内容：第一部分是基于磁珠富集的方法,构建了半滑舌鳎、牙鲆、绿鳍马面鲀、蓝点马鲛、小黄鱼、鱵鱼、黑鲷7种海水鱼部分基因组DNA微卫星富集文库。通过筛选测序分别获得131、202、121、33、23、60、35条含有微卫星的序列,其中完美型、非完美型、混合型所占的平均比例分别为76.80%、13.66%和9.54%。文章中优化的FIASCO法由于自身的高效低耗等优点成为从海水鱼类中大量筛选微卫星标记的最好选择。第二部分是根据构建的富集文库中以及GENBANK数据库中的微卫星序列设计微卫星引物,对绿鳍马面鲀、皮氏叫姑鱼、梭鱼3种鱼类的自然捕捞群体进行了遗传结构的分析,利用至少21个体对其中162个位点进行多态性评价,结果显示扩增得到的等位基因数目从2到18个不等,期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)的范围分别为0.1463到0.9449和0.1562到1.0000,平均值分别为0.6437和0.5774。其中皮氏叫姑鱼微卫星位点的平均期望杂合度最高为0.8052,说明其有较高的杂合性。第三部分内容是半滑舌鳎微卫星标记在遗传图谱构建、雌雄群体与人工诱导雌核发育后代基因型分析中的应用：1.为初步构建半滑舌鳎遗传图谱,以全同胞家系产生的84个F1子代为作图群体,对306对SSR引物进行多态筛,共获得在双亲与后代中分离的多态微卫星标记表记100个,可用于遗传连锁分析。但若需进行主基因和QTL的分析以及真正实现分子标记辅助选择育种,还需获得更多多态分离标记以及开发新型SNP标记,以提高图谱中标记的覆盖水平；2.用8对半滑舌鳎微卫星标记对来自同一母本半滑舌鳎减数雌核发育鱼苗24尾进行了分析。其中4个座位全部为杂合。杂合比例最低的座位是Newcyse105,为0.5833。8个座位的平均杂合子比例为0.8665。结果显示通过抑制第二极体排出获得的半滑舌鳎雌核发育群体在个体和群体水平尚具有一定的基因杂合；3.用25对多态微卫星标记对半滑舌鳎雌、雄群体进行遗传分析,其中引物CSf1检出了雌性后代特有DNA片段。