人多能干细胞（hPSCs）被公认为在再生医学和机体发育方面有着巨大的应用及发展前景。然而,人多能干细胞在实验研究和临床应用中有着伦理上的制约,因此亟需开辟新的研究路径。近年来,非人灵长类胚胎体外培养系统的开创性工作为今后灵长类多能干细胞的研究和应用指明了新的方向。尽管已经开发了各种培养体系来诱导人类多能干细胞的始发态（primed）和原始态（na（?）ve）的多能性状态,但仍然没有一个有效且能明确维持非人灵长类多能干细胞的培养条件。现有的人类多能干细胞的培养方案能否或者在多大程度上维持非人灵长类干细胞的多能性,是目前该领域急需解决的一个关键性的问题。单细胞转录组测序技术已经被广泛地运用于干细胞的研究中。该技术能够描绘不同类型细胞的分子特征并进一步确定细胞身份。然而,当对多个样本进行单细胞测序分析时,我们常常会面临实验上的高成本、批次效应和样品处理效率低下等瓶颈问题。多样本标记的单细胞转录组测序技术因此被发展出来。除了用于解决前面描述的技术限制,多样品标记单细胞转录组技术可以在很大程度上去除双细胞和多细胞,从而实现单细胞数量上的“超载”,这很好地拓宽了其应用范围。在本论文中,我们首次验证了针对人的抗体可实现猴多能干细胞系的多样本标记、单细胞转录组混合测序和数据拆分。随后,我们利用验证好的多样品标记单细胞转录组测序技术分析不同培养条件下猴多能干细胞的分子特征。本研究发现,不同培养条件下猴多能干细胞有着高度异质性。处于primed状态的胚胎干细胞（ESCs）具有更高的代谢水平,更倾向于发育,EPS和5i LA的培养条件确实将同一来源的细胞重置为不同的多能性状态,但它将猴多能干细胞重编程为发育较差的细胞状态。相同培养条件下,不同猴多能干细胞的分子特征明显不同。细胞的来源显著影响了其在代谢、膜表面蛋白和谱系特异性基因表达等方面的分子特征,并且细胞特性的维持或转变取决于细胞培养环境。与体内胚胎发育时期相比较,不同培养条件下猴干细胞的多能性具有与孵化期囊胚非常相似的分子特征,呈现出primed的多能性。在胚胎发育过程中,EPS的培养条件比其他所有的培养条件都更容易诱导出与早期胚胎发育阶段相似的细胞状态。人多能性干细胞在无b FGF的培养条件下可以增强重编程过程中na（?）ve相关基因的上调,这些体系没有建立na（?）ve状态可能是因为FGF信号传导的存在影响了猴多能性干细胞的转化。总的来讲,本研究证明现有的人类多能干细胞的培养方案不能很好地维持猴干细胞的多能性,但为分析和改善非人灵长类动物干细胞的体外培养提供了方向,具有指导性的意义。