伴随着科研经费投入幅度的越来越大，科研经费管理中的风险问题也已经变的越来越突出，成为科研项目经费管理中非常值得关注的问题。因此,国家对科研经费管理的控制程度越来越加强、监管力度也越来越大，规范管理我国高等院校的科研经费，可以有效提高科研经费的使用效率，对控制并避免经费管理中存在的风险均具有较高理论意义和实用价值。本文首先全面分析D大学科研经费管理的现状及科研经费管理机制，从多个方面分析了D大学科研经费管理中存在的问题。在界定了科研项目经费风险的识别因素后，从外部环境和内部控制等方面深入分析，对造成D大学科研经费管理的风险要素进行识别。判定了由于国家政策，经费管理制度，管理过程，信息沟通及风险意识，人员素质和项目合同等各种因素所带来的风险，并对风险进行了评估，给出了项目经费风险评价的指标体系。针对D大学科研项目经费中的实际存在风险，提出实施风险控制的主要思路，并总结了国内外科研经费管理的经验，在深入了解和分析D大学科研经费管理中实际存在的问题及其原因的基础上，针对科研项目经费申请、经费使用、经费监督管理的全过程提出建立相应的信息沟通机制、预算管理机制、成本核算机制及监督管理机制，提出完善的科研经费管理解决方案以及降低经费管理风险的具体措施及建议。