知识产权主要包括著作权（又称为版权）、商标权、专利权、商业秘密权等部门，其中属著作权最易取得，然而也是权利范围最为模糊、最易被侵权的一项权利。随着我国法制化的进程，包括著作权在内的知识产权越来越具有价值，因而也越来越受到重视，各类侵权诉讼亦层出不穷。在如今的21世纪，著作权保护的客体大多可以通过电子数据的方式保存，侵权方式也常常以电子形式复制为主，因而在著作权侵权案件中常常需要计算机领域的专家介入，出具相关的意见或结论。另一方面，专家介入诉讼出具意见的活动在我国称之为司法鉴定活动，对于司法鉴定活动的规范仅仅是在近10年逐渐产生，并处于逐渐完善的过程，甚至知识产权司法鉴定在法律上还没有界定，在知识产权此类无形财产权侵权诉讼过程中，如何正确运用司法鉴定这一工具，而不踩过法律为其设定的界限，依然处于学术讨论阶段，众多学者亦提出了不少问题与质疑。本文从知识产权（主要为著作权）的相关理论基础出发，结合司法鉴定的目的与意义，以著作权侵权案件中的计算机软件著作权侵权案件为例，通过实证研究，剖析现行诉讼体制下在著作权侵权案件中的司法鉴定活动存在的问题，从而影射出在知识产权侵权案件、甚至在其他案件中司法鉴定活动存在的问题，并从司法实践角度提出解决问题的逻辑思维，并在立法上提出建议。本文除导言外共分为五章：第一章阐述了知识产权的基本理论、哲学基础，以及知识产权下几个主要部门法的含义与范围，在此基础上指出知识产权的本质特点包括：无形性、易复制性、抽象性以及涉及专业领域的广泛性。因知识产权的以上特点，引发了知识产权司法鉴定的相关特质。第二章从司法鉴定的含义、相关理论及我国的司法鉴定立法历程出发，提出知识产权司法鉴定的含义，并对学术界普遍认为在知识产权案件中的司法鉴定中存在的几大问题进行罗列与评价，为下文做出铺垫。第三章首先阐述了计算机软件著作权保护的可行性、在国际上的保护历史以及我国如今的立法。进一步根据在第一章中阐释的著作权法的相关原则，分析计算机软件著作权侵权的判断方法。最后通过对涉及鉴定的计算机软件侵权案件的实证研究与分析，剖析在现行诉讼体制下，计算机软件著作权侵权案中的司法鉴定活动存在的问题，并提出问题出现的原因。第四章在上文提出问题的基础上，根据第一章对知识产权（尤其著作权）的基本原则的分析以及第二章对司法鉴定基本理论的运用，提出在计算机软件著作权侵权案中正确运用司法鉴定的逻辑分析方式，在司法实践中进一步合理的界定并限定司法鉴定的范围。最后总结上文，对在各类著作权侵权案件、知识产权侵权案件或其他案件中如何运用司法鉴定提出意见，并对立法提出建议。