我国在转变经济发展方式、建设创新型国家的进程中,科技创新投入与产出得到了大幅度的提高,但与部分发达国家相比,我国的创新投入产出效率相对较低。为准确了解目前我国各地区的创新效率,本文从我国各地区研发创新投入产出指标出发,使用DEA模型及Malmquist指数方法,静态与动态相结合地测算了我国各地区创新效率。在此基础上,将各种环境因素引入创新效率影响因素模型,使用面板模型分析了影响我国创新效率的关键因素,为提高各地区创新效率给出了若干建议。回顾了创新效率的相关研究之后,本文首先对我国各地区创新投入与产出现状做了描述性统计分析。结果表明我国研发创新投入和产出在过去的十余年中都获得了较高速度的增长；不同创新主体或不同研发活动类型中,企业和试验发展占有了较大比重的研发创新投入；从地区分布来看,大部分的研发经费和人员投入在东部地区,同时该地区也获得了较大比重的创新产出。本文使用非参数DEA模型和Malmquist指数方法,从创新技术效率和创新全要素生产率两个方面分析了我国各地区创新效率。测算结果显示,相对于历年生产前沿,我国各地区创新效率总体上表现出下降的趋势,2013年我国创新综合技术效率平均为0.66,各地区创新效率在未来仍然具有一定的提升空间。2002。201 3年我国整体创新全要素生产率平均每年增长5.9%,其中技术进步是拉动其增长的主要动力。在创新技术效率测算结果的基础上,将不同创新主体的研发投入结构和创新环境因素引入面板模型,分析了各因素对创新效率的影响。模型估计结果表明,政府部门、创新人力资本以及信息基础设施建设对创新效率的提高具有显著的促进作用,金融机构对创新效率的影响有待挖掘。不同创新主体的研发投入结构中,高等学校研发经费占比对创新效率的影响是显著积极的,企业研发经费投入占比对创新效率产生了显著的负面作用。本文创新地将创新综合技术效率与其变化率相结合,计算出可以描述各地区创新效率发展变化趋势的效率水平值,将不同创新主体的投入结构和各种环境因素一同引入影响因素模型。改进了模型中创新技术效率代表值,完善了创新效率影响因素,对准确分析影响我国创新效率的关键因素、制定提高创新效率的相关政策具有一定的理论价值和现实意义。