公司控制权是权利主体通过控股或表决权代理等安排能够对公司的所有可供支配和利用的资源进行占有、控制和处分,并可以影响公司重大决策的权利。公司控制权人可以凭借这种权利,使公司依照符合自己意志和利益的方式运营,并从中获益。有效的公司控制权有助于提高公司运行效益和资源配置效率。由于公司控制权是一种稀缺性资源,其行使能带来一定的利益,公司各利益相关人之间就对其展开交易和争夺。在对控制权进行交易和争夺的过程中,中小股东的利益往往被忽视或者遭到无情掠夺,亟待保护。本文以公司控制权交易为切入点,首先介绍了有关公司控制权交易的相关理论,包括公司控制权以及公司控制权交易的相关概念,划分公司控制权交易的主要类型即包括合并、收购、代理权争夺及购买目标公司的控股股权,并且从股东平等原则和资本多数决原则的角度论述了控制权交易中中小股东利益保护的法学理论基础。其次,结合控制权交易的主要形式来分析中小股东的在控制权交易中的弱势地位。然后,论述国外公司控制权交易中有关中小股东利益保护的比较与借鉴。通过对国外关于控制股东信义义务、控股股份表决权、控制股份转让、代理权征集、信息披露制度及反收购决策权以及控制权溢价分享等问题的相关规制介绍与对比,以各国先进经验为铺垫初步搭建我国控制权交易中对中小股东利益保护的理论框架。接着对我国公司控制权交易中中小股东利益保护现状做了分析总结,结合相关现行法律,深入剖析了我国现行立法的不足,为下文提出完善建议埋下伏笔。最后,立足于本国国情,借鉴国外先进经验,对我国控制权交易中中小股东利益保护的相关法律制度提出若干完善建议,以期抛砖引玉。