随着蛋白质组学的快速发展，研究新的大规模、高通量分析技术已经成为生命科学技术中的前沿领域。蛋白质芯片技术因具有灵敏度高、分析通量大和易于微型化等优点，近年来已经引起了生物学家的广泛重视。随着蛋白质芯片技术的不断创新与完善，蛋白质芯片已经在蛋白质表达的检测、蛋白质-蛋白质相互作用的鉴定和蛋白质功能研究等领域获得了成功。本文首先建立了大规模抗体筛选的蛋白芯片分析新方法。这种新颖的组合式蛋白芯片技术集合了蛋白质芯片和微孔板分析模式的优点，形成了与96孔板相匹配的分析模式。其每个孔中可以固定100个蛋白点，大大提高了分析通量。在方法学的研究中，首先制备了每个反应池中包含35种抗原的抗原芯片，接着采用荧光法对组合式抗原芯片的分析性能进行了评价，如片内变异系数，片间变异系数、芯片上相同样品重复点间的均一性和抗原芯片的检测范围及检测限，并比较了蛋白芯片与ELISA方法在分析性能上的差异。最后，利用此抗原芯片采用夹心法评价了75株抗体的活性及特异性，为抗体制备过程中大规模杂交瘤筛选工作打下了良好的基础。其次，本研究建立了基于银增强的蛋白芯片检测方法。利用抗体芯片联合银增强检测技术对甲胎蛋白(AFP)和癌胚抗原(CEA)这两种肝癌相关的疾病标志物进行了同时检测。通过优化银增强检测技术中的实验参数，分别确立AFP和CEA的量效关系，两者的检测限分别可以达到5.1ng／ml和4.0ng／ml。通过对质控血清中的这两个指标的检测，使本方法获得了良好的验证。银增强检测技术具有结果直观、便于目测等优点，该方法具有应用于大规模人群健康体检的分析潜力。最后，本文还建立了一套基于琼脂糖印章技术与银增强法检测技术的新的蛋白芯片实验方法。本研究通过对比连续印制蛋白微阵列点得到的信号，对琼脂糖印章制备蛋白质芯片的能力进行了评价。然后分别采用直接法和夹心法考察了琼脂糖印章结合银增强法的定量分析能力。结果表明直接法检测的最低检测限为0.33fmol；夹心法检测的最低检测限为0.13fmol。由于这两种技术均具有材料易得、便于操作等特点，有望成为一套实验室中日常使用的蛋白芯片制备与检测新技术。