盖孜河水源地位于塔里木盆地的西缘，一级大地构造单元属于塔里木西南坳陷地带，二级构造单元属于喀什凹陷带，夹持于昆仑山海西褶皱系和天山之间。喀什凹陷带主要的构造样式为逆冲推覆构造，包括了三个巨大的逆冲推覆构造带，乌帕尔逆冲推覆带作为其中之一，由三条大的逆断层组成，其中的乌帕尔断层通过本次研究区。受区域构造的影响，研究区内的构造与新构造运动发育，尤其是新构造运动，以升降运动为主并伴随着挤压作用，使得研究区内的地层发生了强烈的褶皱甚至错断，形成基本平行的轴向为NW—SE的四排背斜隆起、向斜洼地及与背斜隆起大致相平行的NW—SE向隐伏断裂。研究区出露的地层简单，主要为新生界的第三系（N）、第四系（Q）。第三系主要为上新统（N₂），第四系包括下更新统洪积层(Q₁^pl)、中更新统冲积层(Q₂^al)、上更新统洪积层（Qpl3）及全新统冲积层(Q₄^al)。研究区内水文地质条件的特殊性体现在跌水现象的存在，通过野外调查，结合搜集的地质、地球物理、水文地质、钻孔等资料，对构造特征、地层特征进行分析，跌水现象分布于断裂构造两侧且断层走向与地下水流向垂直或近于垂直的地方且两侧地层厚度发生突变，表明跌水系构造所引起。在对研究区地质、水文地质条件翻译归纳的基础上，借助地下水流场，选取GMS数值模拟法，对跌水现象进行模拟，刻画断层的影响，应用其中的Modflow模块下barrier边界对断层进行概化，将其作为模型内部的第二类边界条件输入，经过模型的检验运行及校正，模型反映的情况与实际情况吻合较好，进而验证了研究区跌水现象的构造成因分析及模拟模型中对断层处理方法的正确性。通过本次研究，对研究区跌水现象进行了构造成因分析，初步建立了正确概化处理断层边界的数值模型，对进一步的水资源勘探工作具有现实的指导意义。